SPARQLthon47/MBGD

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SPARQLthon47

MBGD

クラスターごとに情報をぶらさげた

  • 機能カテゴリ
    • MBGD 1.1とか
  • どの系統で見られる遺伝子か
    • シアノバクテリアだけで見られるなら、taxid:1117をぶらさげた
    • クラスターを検索するときに、使えるかも
    • プロファイル的なものもぶら下げた方がいいけれども、ベクトル型のデータを扱ううまい方法が見つからない
  • ツリー構造
    • 配列をClustal Omegaでアラインメントして、FastTreeでツリーを生成した結果
    • Newick形式

遺伝子ごとに情報を付け加えた

  • Pfamモチーフ、TIGRFAMsモチーフをHMMER3で検索してヒットした結果

VALUESで気付いたこと

VALUES ?gene_id { "geneA" "geneB" ... }

だと遅くて返ってこなかったりした(並べる値の数が20とか30だと大丈夫で、50とかだと返ってこなくなった)

VALUES ?gene { <URI> <URI> ... }

とかだと、もっとたくさん並べても問題なく返ってきた。

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