SPARQLthon44/JSTthesaurus
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SPARQLthon44
- JSTシソーラスオントロジー化試験作業（櫛田、古崎）
- 3名のライフサイエンスの専門家とNBDCで、2065個の用語間の関連語（RT）をisA, partOfなど18種類の関係に整理した。
- イオノホア
- （RT）抗生物質 → （応用例） 抗生物質
- （RT）イオン輸送 → （機 能） イオン輸送
- （RT）アンカップラー → （上位下位）アンカップラー
- イオノホア
- これら整理した用語間の関係（オントロジー化したシソーラス）をRDF化し、トリプルストアに格納する予定。そのためのプロパティを検討中。
- 3名のライフサイエンスの専門家とNBDCで、2065個の用語間の関連語（RT）をisA, partOfなど18種類の関係に整理した。
| 用語間の関係 | プロパティの候補 |
|---|---|
| RT（関連語） | skos:related |
| 上位or下位 | skos:broader, skos:narrower |
| 全体or部分 | obo:BFO_0000050 (part of), obo:BFO_0000051 (has part) / SIO:000068 (is part of), SIO:000028 (has part)] |
| 反意語 | sio:SIO_000123 (antonym) / (antonym of) |
| 属性保持主体or属性 | SIO:000008 (has attribute), SIO:000011 (is attribute of) |
| 機能発揮主体or機能 | obo:RO_0000085 (has function), obo:RO_0000079 (function of) / obo:BFO_0000079 (is function of) / SIO:000225 (has function), SIO:000226 (is function of) |
| 同義語 | SIO:000122 (synonym) / (synonym of) |
| 結合 | sio:SIO_000203(is connected to)obo:RO_0002150(connected to)(binds to) |
| 原因or結果 | (cause of, caused by) |
| 応用元or応用例 | obo:RO_0000087 (has role), obo:RO_0000081 (role of) / SIO:000228 (has role), SIO:000227 (is role of) |
| 疾患or症状 | (has symptom, symptom of) |
| 生成機構or生成物 | ([produces], [product of]) |
| 兄弟 | (sibling of) |
| 分化主体or分化場所 | (occurs in, occurrence of) |
| 分泌物or分泌場所 | (occurs in, occurrence of) |
| 変化変形前後 | (transformed to, transformed from) |
| 局在 | SIO:000061 (is located in), SIO:000145 (is location of) / (localizes to, localization of) |
| 制御 | (regulates, regulated by) |
BioPortal, Ontobee, Linked Open Vocabularies (LOV) を使って調査。
- 今後予定
- 整理した（オントロジー化した）シソーラスのメリット、活用事例を検討する。例、isAやpartOfなどの推移による推論の事例
