SPARQLthon42/JSTthesaurus

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SPARQLthon44

  • JSTシソーラスオントロジー化試験作業(櫛田、古崎)
    • 3名のライフサイエンスの専門家とNBDCで、2065個の用語間の関連語(RT)をisA, partOfなど18種類の関係に整理した。
      • イオノホア
        • (RT)抗生物質    → (応用例) 抗生物質
        • (RT)イオン輸送   → (機 能) イオン輸送
        • (RT)アンカップラー → (上位下位)アンカップラー
    • これら整理した用語間の関係(オントロジー化したシソーラス)をRDF化し、トリプルストアに格納する予定。そのためのプロパティを検討中。
JSTシソーラスの用語間の関係とプロパティ(オントロジー)の対応
用語間の関係 プロパティの候補
RT(関連語) skos:related
上位or下位 skos:broader, skos:narrower
全体or部分 obo:BFO_0000050 (part of), obo:BFO_0000051 (has part) / SIO:000068 (is part of), SIO:000028 (has part)]
反意語 sio:SIO_000123 (antonym) / (antonym of)
属性保持主体or属性 SIO:000008 (has attribute), SIO:000011 (is attribute of)
機能発揮主体or機能 obo:RO_0000085 (has function), obo:RO_0000079 (function of) / obo:BFO_0000079 (is function of) / SIO:000225 (has function), SIO:000226 (is function of)
同義語 SIO:000122 (synonym) / (synonym of)
結合 (binds to)
原因or結果 (cause of, caused by)
応用元or応用例 obo:RO_0000087 (has role), obo:RO_0000081 (role of) / SIO:000228 (has role), SIO:000227 (is role of)
疾患or症状 (has symptom, symptom of)
生成機構or生成物 ([produces], [product of])
兄弟 (sibling of)
分化主体or分化場所 (occurs in, occurrence of)
分泌物or分泌場所 (occurs in, occurrence of)
変化変形前後 (transformed to, transformed from)
局在 SIO:000061 (is located in), SIO:000145 (is location of) / (localizes to, localization of)
制御 (regulates, regulated by)

BioPortal, Ontobee, Linked Open Vocabularies (LOV) を使って調査。

  • 今後予定
    • 整理した(オントロジー化した)シソーラスのメリット、活用事例を検討する。例、isAやpartOfなどの推移による推論の事例
個人用ツール