SPARQLthon33/DBcatalog

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目次

背景

現状、Integbio/DBCatalog のカテゴリー情報がブランクノードで記述されていたため、理研メタデータベースでは、カテゴリー情報について理研URIで設計されている。

方針

カテゴリー情報についてURIを設計し、必要に応じてオントロジーを作ることで共用利用を図る。開発したRDFについてはポータルサイトから提供する。

更新の手順

  1. 現状のカテゴリーのリストアップ(信定)→ https://docs.google.com/spreadsheets/d/10WRwuLS-_jJHPz4sKtRXAq_kaIj54xq8r4fqS3xNtyA/edit?usp=sharing
  2. 理研メタデータベースカテゴリーとのマッピング(信定)
  3. カテゴリーのリソース URIを確定する(藤澤)
  4. オントロジーを作る
    1. 現状のカテゴリー(タグ)の見直し(信定)
    2. 階層化、破綻しないオントロジー作成のフロー(古崎)
  5. RDF更新(大久保)
  6. NBDCポータルサイトに入れる(大久保)

 現状のデータベースカタログ RDF

サンプル

<http://integbio.jp/dbcatalog/resource/nbdc00003#dataset>
    a dcat:Dataset;
    dct:title "5'SAGE"@en;
    dct:alternative "5'-end serial analysis of gene expression database"@en;
    dcat:landingPage <http://5sage.gi.k.u-tokyo.ac.jp/>;
    dct:publisher _:b3;
    dct:description "in preparation"@en;
    dcat:theme _:co3-1;
    dcat:theme _:ct3-1;
    dcat:theme _:ci3-1;
    dcat:theme _:ci3-2;
    cito:citesAsAuthority <http://identifiers.org/pubmed/15300261>;
    cito:citesAsAuthority <http://identifiers.org/pubmed/15608259>;
    dct:language <http://id.loc.gov/vocabulary/iso639-1/en>;
    dct:available "Inactive"@en;
    dct:identifier "NBDC00003"^^xsd:string.

_:b3
    rdfs:label "The University of Tokyo Graduate School of Frontier Sciences"@en;
    rdfs:seeAlso <http://ns.jst.go.jp/id/200905098372817456>;
    dbpedia:country <http://dbpedia.org/resource/Japan>;
    a foaf:Organization.

_:co3-1
    a skos:Concept;
    skos:inScheme <http://integbio.jp/dbcatalog/resource/theme#organism>;
    skos:prefLabel "Homo sapiens";
    rdfs:seeAlso <http://identifiers.org/taxonomy/9606>.

_:ct3-1
    a skos:Concept;
    skos:inScheme <http://integbio.jp/dbcatalog/resource/theme#target>;
    skos:prefLabel "タグ配列 (核酸)"@ja;
    skos:prefLabel "Tag sequence (nucleic acid)"@en;
    skos:note "EST、STS、SAGEなどのタグ配列/ライブラリーを対象"@ja;
    skos:note "Sequences and libraries for tag sequences (EST, STS, SAGE, etc.)"@en.

_:ci3-1
    a skos:Concept;
    skos:inScheme <http://integbio.jp/dbcatalog/resource/theme#infotype>;
    skos:prefLabel "遺伝子発現"@ja;
    skos:prefLabel "Gene Expression"@en;
    skos:note "細胞、組織、及び個体における遺伝子発現の局在やレベル"@ja;
    skos:note "Localization and levels of gene expression in cells, tissues and whole organisms"@en.

_:ci3-2
    a skos:Concept;
    skos:inScheme <http://integbio.jp/dbcatalog/resource/theme#infotype>;
    skos:prefLabel "配列"@ja;
    skos:prefLabel "Sequence"@en;
    skos:note "核酸配列及びアミノ酸配列"@ja;
    skos:note "Amino acid and nucleotide sequence data"@en.

理研メタデータDBCatalog

カテゴリーのリソースURI(案)

オントロジーの整備を見据えて、categoryはとっておきカテゴリー追加はtagを利用する

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