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目次 1 RDF 化のすすめ方 1.1 URI の設計 1.1.1 自データベースのリソース URI 1.2 オントロジーの設計 1.2.1 クラス定義 1.2.2 プロパティ 1.3 RDF 1.3.1 とりあえず RDF 化するためのツール

RDF 化のすすめ方

RDF 化に必要な、URI, オントロジー, RDF データの設計指針を 6/2 の統合化推進プログラムのキックオフミーティングまでに整理していく

URI の設計

自データベースのリソース URI

• Cool URI を使って下さい
  • http://your.domain.org/foo/bar/123
  • CGI 引数の利用などは使わない

• URI のドメイン
  • 自サイトの URL prefix を利用 - Identifiers.org へ登録してその URI を利用するのがベター？
  • または、独自ドメインの取得
  • または、purl.jp の利用

• 外部リソース URI へのリンク
  • Identifiers.org の URI をつける - RDF をマージしやすく
  • Polite URI - オリジナルサイトの URL を尊重する
  • 上記両方の URI を RDF に記述しておくのは良い

• 自データベースのリソース URI と外部リソース URI の関係
  • rdfs:seeAlso
  • リンクの意味を明示したい - SIO や DC によりふさわしい property がないか調査

オントロジーの設計

オントロジーもRDFで記述する。オントロジーを記述する際には、OWL または RDFS を用いる。

クラス定義

メジャーなオントロジーで使える語彙があるかどうかをまず検討する

• RDF, RDFS, OWL, SKOS, FOAF, DC, DC terms など
• GO, SO, PR, PO, ECO, CLO, BAO, SNOMED, ICD-10 など
• キーワードのリストを使って OntoFinder で検索するといいかもしれない

定義したクラスには、rdfs:label で適切なラベルを、skos:definition で適切な定義を与える

プロパティ

メジャーなオントロジーで使えるプロパティがあるかどうかまず検討する。

• RDF, RDFS, OWL, SKOS, FOAF, DC, DC terms, BIBO など

できるだけ rdfs:domain/rdfs:range を指定する。

RDF

• rdf:type, rdfs:label, dc:identifier はできる限り指定する
• ゲノム上の位置については FALDO オントロジーを利用する
• 空白ノード、UUID URI、HTTP URI の使い分け
• SIO に参考になるジェネリックな Class, property がありそう？
• 文献情報の記述には、BIBO または PRISM を使う？

とりあえず RDF 化するためのツール

• RDF refine
• TogoDB

などなど