SPARQLthon18/TogoGenome

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TogoGenome 更新作業

目次

RDF とオントロジー

  • refseq2ttl で相補鎖の FALDO を修正 (biological begin/end), ExactPosition/FuzzyPosition 対応 → v9、データ更新中
  • UniProt 更新 → データ更新中
  • Thor の追加 construct を Rake に組み込み
  • ヒトゲノム追加
  • INSDC オントロジー

エンドポイント

新旧の変更点

グラフ名

RDF データ

  • INSDC オントロジーの URI
  • UniProt のアノテーションが FALDO 対応に
  •  :

レポート

http://togogenome.org/ に下記のレポート用スタブを作る。レポートを追加するときの手順をまとめる。

  • phenotype
  • medium

新しいレポートページの追加 (Phenotypeの例)

  • http://github.com/togogenome/togogenome を clone する
  • config/stanza.yml を編集する (エンドポイント、phenotypes を追加、スタンザ並び順調整)
  • app/controller/phenotype_controller.rb に PhenotypeController#show, view を新規作成
 $ rails g controller phenotype show --no-helper --no-assets --no-controller-specs --no-view-specs
  • app/views/phenotype/show.html.haml を編集
    • スタンザが取る引数を stanza_attr に設定する ( data-stanza-mpo-id を取る場合は phenotype_mpo_id: など)
    • 必要に応じて「複数形にしたい所だけど、利用者にはこちらの方が分かりやすいらしい」のところを調整
  • config/routes.rb の更新
  • 動作確認
 bundle exec rails s

スタンザ

  • NanoStanza 追加作成
  • 培地スタンザ
  • 表現型スタンザ: インフォコムのものを phenotype レポートに組み込む

取り込み方

  • コピーする場合
  • Gemで参照する場合
    • スタンザを gem として公開し、Gemfile を更新 (詳細は永和さんのドキュメント待ち)
  • GitHub で参照する場合
    • 以下のどちらかの表記で togostanza/togostanza の Gemfile に追記して bundle install を実行する
 gem 'mpo_environment_stanza', git: 'git@github.com:mot42/stanza-dev.git'
 gem 'mpo_genus_stanza', github: 'mot42/stanza-dev'
個人用ツール