SPARQLthon18/TogoGenome
提供：TogoWiki
TogoGenome 更新作業
目次 |
RDF とオントロジー
- refseq2ttl で相補鎖の FALDO を修正 (biological begin/end), ExactPosition/FuzzyPosition 対応 → v9、データ更新中
- UniProt 更新 → データ更新中
- Thor の追加 construct を Rake に組み込み
- ヒトゲノム追加
- INSDC オントロジー
エンドポイント
- http://togostanza.org/sparql (旧データのテスト環境)
- http://ep.dbcls.jp/sparql71dev (新データのテスト環境)
- エンドポイント名の更新時の運用方針を考える
新旧の変更点
グラフ名
- http://togogenome.org/graph/xxxx/ → http://togogenome.org/graph/xxxx
- グラフ名の整理
- ID 対応関係のグラフは db1_db2 のようにする convention を導入する？
- オントロジーは xxo (mpo) それを利用した mapping データは xxld (mpld) のようにする？
- :
RDF データ
- INSDC オントロジーの URI
- UniProt のアノテーションが FALDO 対応に
- :
レポート
http://togogenome.org/ に下記のレポート用スタブを作る。レポートを追加するときの手順をまとめる。
- phenotype
- medium
新しいレポートページの追加 (Phenotypeの例)
- http://github.com/togogenome/togogenome を clone する
- config/stanza.yml を編集する (エンドポイント、phenotypes を追加、スタンザ並び順調整）
- app/controller/phenotype_controller.rb に PhenotypeController#show, view を新規作成
$ rails g controller phenotype show --no-helper --no-assets --no-controller-specs --no-view-specs
- app/views/phenotype/show.html.haml を編集
- スタンザが取る引数を stanza_attr に設定する ( data-stanza-mpo-id を取る場合は phenotype_mpo_id: など)
- 必要に応じて「複数形にしたい所だけど、利用者にはこちらの方が分かりやすいらしい」のところを調整
- config/routes.rb の更新
- 動作確認
bundle exec rails s
スタンザ
- NanoStanza 追加作成
- 培地スタンザ
- 表現型スタンザ: インフォコムのものを phenotype レポートに組み込む
取り込み方
- コピーする場合
- https://github.com/togostanza/togostanza を clone して、ブランチを切って、*_stanza/ をコピーして commit して pull request
- Gemで参照する場合
- スタンザを gem として公開し、Gemfile を更新 (詳細は永和さんのドキュメント待ち)
- GitHub で参照する場合
- 以下のどちらかの表記で togostanza/togostanza の Gemfile に追記して bundle install を実行する
gem 'mpo_environment_stanza', git: 'git@github.com:mot42/stanza-dev.git' gem 'mpo_genus_stanza', github: 'mot42/stanza-dev'
