SPARQLthon17/CrossSearch

提供:TogoWiki

移動: 案内, 検索

目次

これまでの取り組みなど(参考となるページ)

Schema.org資料

HTML仕様

DDBJリソースURI表示ウェブサイトでのマークアップ

疑問

  • itemtype="http://schema.org/BiologicalDatabase" でOWLを指定していいものか → 想定外
  • itemprop="name” を複数記述してもよい?
  • itemprop="id”、itemprop="url"を複数指定した時の対応関係は? 1つのみの制約等あるか? → itemprop="seeAlso”内で1つ。itempropの親子関係図示。

CyanoBaseでのマークアップ(例)


<div itemscope="" itemtype="http://schema.org/BiologicalDatabaseEntry">
  <span itemprop="isEntryOf" itemscope itemtype="http://schema.org/BiologicalDatabase">
     <a itemprop="url" href="http://genome.microbedb.jp/cyanobase"><span itemprop="name">CyanoBase</span></a>
   </span>
   <span itemprop="entryID">Synechocystis</span>
</div>

<div itemscope="" itemtype="http://schema.org/BiologicalDatabaseEntry">
 <span itemprop="taxon" itemscope="" itemtype="http://schema.org/BiologicalDatabaseEntry">  
  <span itemprop="name">Synechocystis sp. PCC 6803</span>
  <a itemprop="url" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Taxonomy/Browser/wwwtax.cgi?id=1148"><span itemprop="entryID">1148</span></a>
 </span>
</div>

<div itemscope itemtype="http://schema.org/BiologicalDatabaseEntry">
   <span itemprop='reference' content='pmid:23110816' >
    <a href=“http://pubmed.org/23110816">pmid:23110816</a>
   </span>
</div>


 <div itemprop="seeAlso" itemscope itemtype="http://schema.org/BiologicalDatabaseEntry">
      <span itemprop="isEntryOf" itemscope itemtype="http://schema.org/BiologicalDatabase">
           <span itemprop="name”>TogoAnnotation</span>
           <a itemprop="url" href=“http://togo.annotation.jp/annotation/【ID】"><span itemprop="entryID”>【ID】</span></a>
      </span>
</div>

Microdata Extractor によるパース結果

BiologicalDatabase_url=http://genome.microbedb.jp/cyanobase
BiologicalDatabase_name=CyanoBase
BiologicalDatabaseEntry_entryID=Synechocystis
BiologicalDatabaseEntry_taxon_BiologicalDatabaseEntry_name=Synechocystis sp. PCC 6803
BiologicalDatabaseEntry_taxon_BiologicalDatabaseEntry_url=http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Taxonomy/Browser/wwwtax.cgi?id=1148
BiologicalDatabaseEntry_taxon_BiologicalDatabaseEntry_entryID=1148
BiologicalDatabaseEntry_reference= pmid:23110816 

RDFグラフの視覚化 Turtle, Microdata, JSON-LDで可視化 Cyanobase synechocystis microdata.png

DDBJ Taxonomy ontologiesマークアップ(例)

<!-- isEntryOf -->
<div style="display:none" itemscope="" itemtype="http://schema.org/BiologicalDatabaseEntry">
  <span itemprop="isEntryOf" itemscope itemtype="http://schema.org/BiologicalDatabase">
    <a itemprop="url" href="http://ddbj.nig.ac.jp/ontologies/taxonomy/taxonomy.owl">
      <span itemprop="name">DDBJ Taxonomy ontologies</span>
    </a>
  </span>
  <span itemprop="entryID">1148</span>
</div>

<!-- taxon -->
<div style="display:none" itemscope="" itemtype="http://schema.org/BiologicalDatabaseEntry">
  <span itemprop="taxon" itemscope itemtype="http://schema.org/BiologicalDatabaseEntry">
    <span itemprop="name">Synechocystis sp. PCC 6803</span>
    <a itemprop="url" href="http://ddbj.nig.ac.jp/ontologies/taxonomy/1148">
      <span itemprop="entryID">1148</span>
    </a>
  </span>
</div>

<!-- seeAlso -->
<div style="display:none" itemscope="" itemtype="http://schema.org/BiologicalDatabaseEntry">
  <span itemprop="seeAlso" itemscope="" itemtype="http://schema.org/BiologicalDatabaseEntry">
    <span itemprop="isEntryOf" itemscope="" itemtype="http://schema.org/BiologicalDatabase">
      <span itemprop="name">NCBI Taxonomy</span>
    </span>
    <a itemprop="url" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/taxonomy/1148">
      <span itemprop="entryID">1148</span>
    </a>
  </span>
  <span itemprop="seeAlso" itemscope="" itemtype="http://schema.org/BiologicalDatabaseEntry">
    <span itemprop="isEntryOf" itemscope="" itemtype="http://schema.org/BiologicalDatabase">
      <span itemprop="name">identifiers.org Taxonomy</span> 
    </span>: 
    <a itemprop="url" href="http://identifiers.org/taxonomy/1148">
      <span itemprop="entryID">1148</span>
    </a>
 </span>
</div>

Microdata Extractor によるパース結果

BiologicalDatabase_url=http://ddbj.nig.ac.jp/ontologies/taxonomy/taxonomy.owl
BiologicalDatabase_name=DDBJ Taxonomy ontologies
BiologicalDatabaseEntry_entryID=1148
BiologicalDatabaseEntry_taxon_BiologicalDatabaseEntry_name=Synechocystis sp. PCC 6803
BiologicalDatabaseEntry_taxon_BiologicalDatabaseEntry_url=http://ddbj.nig.ac.jp/ontologies/taxonomy/1148
BiologicalDatabaseEntry_taxon_BiologicalDatabaseEntry_entryID=1148
BiologicalDatabaseEntry_seeAlso_BiologicalDatabase_name=NCBI Taxonomy
BiologicalDatabaseEntry_seeAlso_BiologicalDatabaseEntry_url=http://www.ncbi.nlm.nih.gov/taxonomy/1148
BiologicalDatabaseEntry_seeAlso_BiologicalDatabaseEntry_entryID=1148
BiologicalDatabaseEntry_seeAlso_BiologicalDatabase_name=identifiers.org Taxonomy
BiologicalDatabaseEntry_seeAlso_BiologicalDatabaseEntry_url=http://identifiers.org/taxonomy/1148
BiologicalDatabaseEntry_seeAlso_BiologicalDatabaseEntry_entryID=1148

RDFグラフの視覚化 Turtle, Microdata, JSON-LDで可視化 Ddbjtaxon 1148 microdata.png

Sagaceウェブページ

コメント

個人用ツール