SPARQLthon/TogoGenomeUpdate/2018 08

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目次

バージョン

  • refseq: release90
  • uniprot: 2018_08

DBファイルサイズ

253G

更新時期

  • 開始: 2018-09-26 20:40
  • 終了: 2018-10-05 21:49

途中、サーバ障害(ディスクフル)により3日ほど中断

トリプル数統計

総トリプル数

6,512,897,299トリプル(約65億)

グラフ一覧とトリプル数

グラフURIトリプル数
http://togogenome.org/graph/uniprot3260907167
http://togogenome.org/graph/refseq1774158022
http://togogenome.org/graph/edgestore938295507
http://togogenome.org/graph/assembly_report342009224
http://togogenome.org/graph/goup58922251
http://togogenome.org/graph/tgup52670300
http://togogenome.org/graph/stats44024261
http://togogenome.org/graph/taxonomy26748183
http://togogenome.org/graph/gazetteer7062536
http://togogenome.org/graph/gotax3786465
http://togogenome.org/graph/gold1600208
http://togogenome.org/graph/go1573748
http://togogenome.org/graph/brc914050
http://togogenome.org/graph/tgtax117801
http://togogenome.org/graph/so43060
http://togogenome.org/graph/taxonomy_lite16063
http://togogenome.org/graph/insdc14238
http://togogenome.org/graph/gmo6956
http://togogenome.org/graph/meo4468
http://togogenome.org/graph/meo_descendants4247
http://togogenome.org/graph/pdo_mapping3305
http://togogenome.org/graph/pdo2881
http://togogenome.org/graph/csso2537
http://togogenome.org/graph/mpo1653
http://togogenome.org/graph/mpo_descendants1482
http://togogenome.org/graph/mccv675
http://togogenome.org/graph/faldo232
http://togogenome.org/graph27

テキスト検索の修正

テキスト検索の対象でないスタンザを非表示になるように修正

  • 検索対象スタンザを選ぶプルダウンを Organism, Gene, Phenotype, Env だけにする
  • 検索対象スタンザリストから以下を削除
    • Gene
      • Genomic context
      • Nucleotide sequence
      • Pfam plot
      • Protein attributes
      • Protein orthologs
      • Protein sequence
    • Organism
      • Genome information
      • Genomic context
      • Genomic plot
      • Ortholog profile
    • Environment
      • Environmental ontology (MEO)
      • Geographical map
      • Inhabitants statistics
      • Taxonomic composition
  • 検索対象スタンザの追加
    • Gene
      • Protein general annotation
    • Phenotype
      • Shape Information
      • Organism List

更新処理の修正

UniProtのRDF/XML生成処理が途中で落ちてしまい、スクリプトの最後に行うUniProtのRDFの解凍済みファイルの削除がされず、サーバディスクフルになってしまった。以下のように更新スクリプトを修正

  • UniProtのRDF/XMLを生成する際に他のI/Oアクセスが激しい処理を並列実行しない
  • RDF/XMLの生成処理の途中で失敗しても、解凍済みファイルの削除処理は実行されるようにした

スタンザの修正

Google Map APIの変更

Google Map APIの利用規定の変更に伴い、地図が表示されなくなった。

  • sensorパラメータの不使用 => 対応済み
  • APIキーの使用
    • 今まで使用していなかったがキーの使用は必須になった
    • TogoStanzaとしてAPIキーの取得が必須。Googleアカウントから支払い先登録をしたAPIキーでないと使えない参考手順
    • APIキーは使用できるドメインを制限して(例:"*togostanza.org/*")、他者が利用できないように設定する必要がある(流用されると多額の請求が来る)
    • コード上に直書きする内容でないため、デプロイ時に設定ファイルor環境変数として読めるようにしておく
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