SPARQLthon/TogoGenomeUpdate/2017 07

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目次

バージョン

  • refseq: release82 (前回から変更なし)
  • uniprot: 2017_07

DBファイルサイズ

308G

更新時期

  • 開始: 2017-07-13 18:51
  • 終了: 2017-07-20 02:20

約6.5日

tgupのエラーで途中からやり直し

  • 開始: 2017-07-26 11:10
  • 終了: 2017-07-30 19:00

約4.3日

トリプル数統計

総トリプル数

  • 9,023,186,631 トリプル(約90億)

※assembly_reportのGenBankファイルをロード対象から外したため、先月と比べて減少している

グラフ一覧とトリプル数

グラフURIトリプル数
http://togogenome.org/graph/uniprot4675874056
http://togogenome.org/graph/refseq2913692573
http://togogenome.org/graph/edgestore778914799
http://togogenome.org/graph/assembly_report277009658
http://togogenome.org/graph/tgup140985305
http://togogenome.org/graph/goup119291033
http://togogenome.org/graph/stats76465632
http://togogenome.org/graph/taxonomy23674426
http://togogenome.org/graph/gazetteer7062536
http://togogenome.org/graph/gotax5827615
http://togogenome.org/graph/gold1600208
http://togogenome.org/graph/go1573748
http://togogenome.org/graph/brc914050
http://togogenome.org/graph/tgtax191328
http://togogenome.org/graph/so43060
http://togogenome.org/graph/taxonomy_lite18151
http://togogenome.org/graph/insdc14238
http://togogenome.org/graph/gmo6956
http://togogenome.org/graph/meo4468
http://togogenome.org/graph/meo_descendants4247
http://togogenome.org/graph/pdo_mapping3305
http://togogenome.org/graph/pdo2881
http://togogenome.org/graph/csso2537
http://togogenome.org/graph/mpo1653
http://togogenome.org/graph/mpo_descendants1482
http://togogenome.org/graph/mccv675
http://togogenome.org/graph/faldo232
http://togogenome.org/graph27

更新スクリプト修正

tgup取得用スクリプト(refseq2up-phase2.v7.rb)で使用するSPARQLがタイムアウトになるケースがあり、失敗した場合にretryを10回かけるようにした

スタンザ修正

protein_references

Authorを列挙するためにGROUP_CONCATで文字列を連結していたが、"9606:A1CF"のようにAuthorが長くなる場合に"Value of ANY type column too long" というエラーが出るようになった
GROUP_CONCATをやめて、Rubyで文字列連結するように変更した git

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