Cytoscapeを用いたデータベースクライアント、可視化
提供：TogoWiki
このワークショップでは 他国のin-house db用のCytoscapeクライアントを紹介し、皆様のデータベースのためのクライアントとしてCytoscapeが使えるかどうかを考えていただくことを目的としています。 紹介するデータベースクライアントは
- MetScape
- MiMI clinet
- iRefScape
- aaa
- aaa
の3つです。
MetScape
NCIBIによるMetabolic network可視化ソフトです。
- 注目する化合物を中心にしたネットワークの取得
- パスウェイ分類によるfilter
が可能です。
代謝反応情報のほとんどはKEGGと考えてよいと思います。
ワークショップではその情報取得、可視化方法を紹介します。
MiMI client
MiMIはNCIBIによるNLPで既知のデータをマージしたprotein interaction databaseです。 http://mimi.ncibi.org/MimiWeb/AboutPage.html WEB版ではクエリに対する出力形式はテキストの表ですが、Cytoscapeのクライアントの場合ネットワーク形式での可視化が可能です。
