Cytoscapeを用いたデータベースクライアント、可視化

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このワークショップでは 他国のin-house db用のCytoscapeクライアントを紹介し、皆様のデータベースのためのクライアントとしてCytoscapeが使えるかどうかを考えていただくことを目的としています。 紹介するデータベースクライアントは

  1. MetScape
  2. MiMI clinet
  3. iRefScape
  4. aaa
  5. aaa

の3つです。

MetScape

NCIBIによるMetabolic network可視化ソフトです。

  • 注目する化合物を中心にしたネットワークの取得
  • パスウェイ分類によるfilter

が可能です。
代謝反応情報のほとんどはKEGGと考えてよいと思います。
ワークショップではその情報取得、可視化方法を紹介します。

MiMI client

MiMIはNCIBIによるNLPで既知のデータをマージしたprotein interaction databaseです。 http://mimi.ncibi.org/MimiWeb/AboutPage.html WEB版ではクエリに対する出力形式はテキストの表ですが、Cytoscapeのクライアントの場合ネットワーク形式での可視化が可能です。

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