BrainStarsデータベースAPI実装

提供:TogoWiki

移動: 案内, 検索

目次

BrainStarsデータベースAPI実装

BrainStarsデータベース

BH10.10ログ

提案された実装案等

ウェブサービスAPIクライアント案

  • プローブセット毎の発現をブラウズするアプリ。
  • フィルタリングパス:High/Low選択 => 組織選択 => プローブセット選択 =>
  • キーワード検索パス:キーワード入力検索 =>プローブセット選択 =>

Dashcode でつくってみた

http://skitch.com/nakao/dhic4/brainstars-dashcode

  • データソースを動的に設定することが必要だが、そこまではわからなかった。

BrainStars -Dashcode-.jpg

BH10.10でできたこと

Search API http://brainstars.org/search

TogoWS like なインタフェース ([.拡張子]による出力形式の指定には未対応.出力形式は &content-type=application/json 等で指定)

marker 検索 API http://brainstars.org/marker

countだけ新規実装.TogoWS like なインタフェースとは否互換.要検討

エントリ取得 API http://brainstars.org/probeset

今までどおり.

Rインタフェース (dritoshi 神戸一人Hackathon)

RCurl と rjson が必要

http://fg.cdb.riken.jp/brainstars10.10.r

# Search API
a <- getBrainStarsSearch("receptor/10,5")
a <- getBrainStarsSearch("receptor/count")
# Marker API
r.json <- getBrainStarsMarker("high/LS/count")
# Expression API
expression <- getBrainStarsExpression("1439627_at") 
# Graph API
getBrainStarsFigure("1439627_at", "exprgraph")

1439627 at.exprgraph.png

第2引数は "exprgraph", "exprmap", "switchgraph", "switchhist", "switchmap" などのグラフタイプが選べる。Affymetrix ID + Graph Type + ".png" でグラフが保存される。


使いかた

> source("http://fg.cdb.riken.jp/brainstars10.10.r")
> a <- getBrainStarsSearch("receptor/count")
Loading required package: RCurl
Loading required package: bitops
Downloading...
Done.
> a
[1] "1985"

ToDo

  • json か R のデータ構造を選べるようにする
  • Unit test を書く
  • S4 class で書きなおす
  • エラー処理をまじめにやる
  • ちゃんとパッケージ化する
個人用ツール