BH2014 Summary

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NBDC/DBCLS BioHackathon 2014 まとめ

概要

  • 日程: 2014/11/9-14
  • 場所: 東北メディカルメガバンク講義室/松島大観荘
  • 参加者数: 88名(シンポのみ参加10名,ハッカソン参加78名),海外21名(自費1名含む)
  • トピック:  
    • T1. 具体的なバイオ/メディカルデータのセマンティックウェブ技術利用
    • T2. ドメインに特化しない技術開発(標準化可視化等)

成果

  • ToMMo 連携
    • ヒトゲノム,変異等の標準化
      • ToMMoとEnsembl/オントロジーの連携
      • ToMMoとDBCLS, DDBJの連携(A-II. セキュリティと関連)
    • SPARQL検索技術開発
      • 手元のVCF等のファイルを On the fly で SPARQL 検索できる技術(A-I. 分散と関連)
      • トムソンロイターデータアノテーション
      • 公共データとの連携技術
  • 個別主要成果
    • T1.
      • ヒト関連(ToMMo連携)
      • ヒト以外: BioSample 等メタデータの整備(DDBJのBioSampleのRDF化)
      • オーソログオントロジー統合(OrthO&OGO)
      • オミックス: メタボロームデータ(Excel)からのデータ抽出とアノテーション,PROXI
      • 既存DBのRDF化: Glycan, Nikkaji, RefEx, etc
    • T2.
      • 標準化: RDF メタデータ標準化, データの由来表現方法比較, 10 simple rules for LD in LS, 研究デザインのRDF化, id.org における型定義, BioPortal CSV to RDF, PDB2UniProt, LDによる創薬パイプラインフレームワーク,
      • オントロジー:酵素反応オントロジー,生物と環境の関係のオントロジー(現時点では蝶と食草)
      • テキストマイニング: CRAFT,GRO,AllieをPubAnnotationで利用/可視化可能に,Bio2RDF&BioGateway をLODQA上で
      • アプリケーション: SPARQLBuilder+D3SPARQL, D3SPARQLと地理/グラフ構造/YummyData連携
      • トリプルストア: YummyData, 手元のファイルを On the fly で SPARQL 検索できる技術,SPARQL拡張, D2RQ,Sparqlify 調査(パフォーマンス,1.1対応に課題)
個人用ツール