BH18.7

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国内版バイオハッカソン BH18.7

目次

開催概要

2018年7月16日から7月20日にかけて、徳島にて国内のライフサイエンスデータベースの構築者と利用者向けの技術勉強会として、第9回 国内版バイオハッカソン BH18.7 を開催いたします。

  • 主催:ライフサイエンス統合データベースセンター (DBCLS)
  • 共催:質量分析インフォマティクス研究会 (JSBi公募研究会)
  • 開催期間:2018年7月16日(月)〜7月20日(金)
  • 開催場所:かんぽの宿徳島(徳島市)
    • 徳島空港 -> 徳島駅
      • リムジンバス (28分、440円、チケット販売機) 時刻表
      • 路線バス (41分、440円、現金のみ)時刻表
    • 徳島駅 -> かんぽの宿
      • チャーターバス(7/16 8:00にチャーターバスを用意する予定です)
      • 送迎バス 時刻表
      • ロープウェイ (610円) 運転時間 (駅からロープウェイまで徒歩10分、または路線バス2分。ロープウェイから宿まで徒歩15-20分、長い階段あり)
      • タクシー (市内から20分、2,000円前後)
      • 登山コース マップ
    • 徳島駅 -> 徳島大学蔵本キャンパス (7/15:質量インフォシンポ)
      • 路線バス(15分、市内210円、現金のみ)医学部前下車 詳細 のりば
      • JR 蔵本駅下車 (210円、IC未対応)時刻表

開催趣旨

DBCLS では、ライフサイエンスのデータベース統合についての技術開発を支援・最新技術の情報共有・実務者間での交流を促進するため、これまで10回の国際版 BioHackathon と8回の国内版バイオハッカソン BH10.10, BH11.11, BH12.12, BH13.13, BH14.14, BH15.15, BH16.12, BH17.11を開催してまいりました。NBDC統合化推進プログラムに参画されている各機関においても様々なデータベースを構築してきて頂いています。その成果の一部は、SPARQLthon などを通じてセマンティック・ウェブに対応した RDF 形式によって統合され、NBDC RDF Portal からリリースされています。また、海外においても UniProt や BioModels, BioSamples, ChEMBL, Expression Atlas, Reactome などの各種データベースが EBI RDF Platform から、Ensembl も リリース83 から RDF でのデータ提供が行われており、NCBI からも PubChem などの RDF が提供されるようになってきています。これらの RDF データは既存のものに比べて分野横断的な統合が容易になっていますが、今後より多くのデータを統合し、アプリケーション開発などによってその活用を推進していくためには、さらなる情報共有と技術開発を継続する必要があると考えられます。

一方、バイオインフォマティクスにおけるデータベースの利活用は目的も手法も多岐にわたります。このため、国内版バイオハッカソンのテーマについては上記に挙げられた DBCLS や NBDC の統合化推進プログラムで進められているセマンティック・ウェブによるデータベース統合に限らず、国内の生命情報学系の研究者間で共にディスカッションやソフトウェア開発が促進できるものであれば全て国内版バイオハッカソンのスコープに入ると考えられます。また、民間の方からもぜひ、公共データの社内での活用や情報統合の課題、産学連携で開発・利用できそうな研究課題やソフトウェア技術など、バイオ寄りからインフォ寄りまで議論・開発のネタを自由に持ち込んで頂ければと思います。

国内版バイオハッカソンは、これからのライフサイエンスを支える技術開発に興味のある方々に自由にご参加いただき、活発な議論と開発を進めて頂くインキュベーションの場となればと考えています。

参加申し込み

ハッカソンの参加費は無料ですが、会場準備の都合上、下記のページから参加登録をお願いいたします。質問事項等ありましたら、オーガナイザー bh18.7@biohackathon.org 宛にご相談下さい。 なお、今回は質量分析インフォマティクス研究会のハッカソンと共催となり、こちらの参加登録も下記のフォームから受け付けています。

注意事項:

  • ハッカソンは開催趣旨から、原則的に全日程のご参加をお願いしておりますが、難しい場合は参加可能な日程をご登録下さい。
  • 航空券や現地までの交通手段などは各自で手配してください。
  • ソフトウェア開発用機材の貸出はありませんので、各自無線LANが利用可能なノートPCなどをご持参ください。

プログラム

  • 7/15 (日)
  • 7/16 (月)
    • 8:00-8:30 チャーターバス(徳島駅前→かんぽの宿)
    • 8:30-9:30 会場設営
    • 9:30-10:00 受付
    • 10:00-12:00 課題出しのためのブリーフィング
    • 13:00-18:00 チュートリアル / ディスカッションとソフトウェア開発 (ハッカソン)
  • 7/17 (火)
    • 9:00-18:00 ハッカソン
  • 7/18 (水)
    • 9:00-18:00 ハッカソン
  • 7/19 (木)
    • 9:00-18:00 ハッカソン
  • 7/20 (金)
    • 9:00-12:00 ハッカソン・ラップアップ・解散
    • 13:00-16:00 会場撤去・荷物発送・報告書等の事務作業(オーガナイザー)

主なテーマ

会期中に検討するテーマです。自由に追記・編集して頂ければと思います。リンク先のページを作るときは「BH18.7/ページ名」としてください。

Twitter hashtag は #BH1807 でお願いします。

その他

メーリングリストのご案内

開催に関するご案内や参加者間での議論を行っています。ぜひご登録下さい。

国際版 BioHackathon のご案内

毎年1回、海外のデータベース・バイオインフォマティクスの研究者・開発者を迎えて国際版の BIoHackathon を開催しています。

また、国際版の BioHackathon 等に関するご案内や議論は下記のメーリングリストで行っております。こちらもぜひご登録ください。

SPARQLthon のご案内

バイオハッカソンの他に、生命情報科学におけるセマンティック・ウェブ技術の利用を促進するため、毎月 SPARQLthon という勉強会を開催しています。ぜひご参加下さい。

オーガナイザー

  • DBCLS: 守屋, 金, 河野, 山口, 山本, 川島, 片山
  • 京都大学: 吉沢
  • 徳島大学: 小迫
個人用ツール