BH16.12/MicroscopyOntology

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参加者: 久米、小林、ますや



目次

Open Microscopy Environment (OME) のRDF化

XML形式で定義されている(光学)顕微鏡画像のメタデータ語彙をRDF(OWL)に翻訳し、オントロジーとして定義し直す。


RDFスキーマの構築 Updated ver 0.1 to ver 1.0

RDFスキーマ ver 1.0 https://github.com/kumeS/ISWC2016/blob/master/RDF_Schema_ver1.0/RDF_Schema_Project_ver1.0.svg

(Overview: https://github.com/kumeS/ISWC2016/blob/master/RDF_Schema_ver1.0/%20Overview.png

RDFスキーマ ver 0.1 (ISWC2016)

https://github.com/kumeS/ISWC2016/tree/master/RDF_Schema_ver0.1

OMEの拡張

  • Tiling(顕微鏡から出力された複数の画像を収集して1枚の大画像を構成したもの)、Deep Zoom Image (DZI)のメタデータが書けるように拡張
  • BioSample つまり見ようとしたものを書けるようにした。
  • Phenotype つまり見えたものを書けるようにした。
  • 電子顕微鏡のパーツ(電子銃、電子検出器、電子対物レンズ)とその撮像パラメータ(撮像条件)の記述を可能にした。
  • Wave Ontologyを構築した。(電磁波、放射線、光、力学的波、周波数、波長、エネルギー)

MRIへの対応

MRI pulse sequence (サンプルに照射した一連の高周波パルス磁場)のパラメータを書いてみたが専門家の確認が必要。追記と公開は今後のSPARQLthonで。

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