BH14.14/Docker

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Docker for BioDevOps, またの名を「チームなんでもコンテナ隊」

目次

Motivation

This is why we do this.

Members

  • 池田
  • 大石
  • 坊農
  • 仲里
  • 内藤
  • 小野
  • 大田

Manifesto

1日1コンテナ

バイオハッカソンでやりまぁす

  • 創薬系キュレーション支援ツールの環境配布 (池田)
  • ゲノム解析ワークフローのパッケージング・レシピ化
    • ゲノムアセンブラなど
    • Pitagora-Galaxy
    • FANTOM5データ解析ワークフローのパッケージング
  • ワイワイメタデータ
    • 複数ソースのメタデータの管理を一括化
      • SRA
      • BioSample
      • BioProject
      • Proteome
  • DBCLS SRA
    • UI改修

Day 1

Docker講習会をしました。環境は Docker on CoreOS launched via vagrant/virtualbox on MacOS です。

本日のDockerfile

Day 2

Docker講習会をしながらDockerfileをがりがり作っています。

本日のDockerfile

Day 3

Dockerthonをしてます。

本日のDockerfile

検討事項

  • データ永続化
    • コンテナビルド中に作ったデータはコンテナを潰すと残らない
      • 例えばビルドの途中でmakeblastdbしてファイルを拵えてもそれはコンテナが落ちるとなくなる
      • コンテナのshを起動してインタラクティブに使ったり標準出力で出す分には問題ない
    • 解決策
      • 全部S3に突っ込む
        • 富豪的解決策
      • データファイルを受け取ってホストに突っ込むサーバ的な別コンテナを建ててそっちに投げる
        • MySQLなどのDBMSを使うwebappはこのパターンを採用している
        • コンテナ間でのフラットファイルのやりとりはどうなんだ?
  • コンテナ間連携
    • ワークフロー的にコンテナ間でデータのやりとりをする必要性
    • Illumina BaseSpaceのようにディレクトリをマウントして全てそこにやりたいがillumina basespaceのコンテナはDockerfileが公開されてない?
  • プロダクションでの運用
    • 死活管理やリソース管理、ネットワークセキュリティなどなど課題は盛りだくさん

Day 4

Dockerthonをしてます。

本日のDockerfile

Day 5

Dockerthonをしてます。

個人用ツール