BH12.12/stanza titech/taxonomic composition sample

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taxonomic composition(サンプル)

  • スタンザ概要--------------------------
    あるSRSサンプルの系統組成
  • 入力----------------------------------
    SRS_ID
  • 出力----------------------------------
変数名説明URI or literal
?taxon_label系統名literal
?organismCount相対存在量literal(double型)
  • 使用グラフ----------------------------
  • メモ----------------------------------
系統階層によって、predicateを変える
MEO_0000431 : Genus
MEO_0000432 : Family
MEO_0000433 : Order
MEO_0000434 : Class
MEO_0000435 : Phylum
MEO_0000436 : Domain
  • SPARQL query--------------------------

例:SRS334046の系統組成

PREFIX rdfs: <http://www.w3.org/2000/01/rdf-schema#>
PREFIX srs: <http://www.ncbi.nlm.nih.gov/sra/>
PREFIX meo: <http://purl.jp/bio/11/meo/>

SELECT ?taxon_label ?organismCount

FROM <http://microbedb.jp/meta16S_env/>
FROM <http://microbedb.jp/ncbitaxon/>
FROM <http://microbedb.jp/meo/>
FROM <http://microbedb.jp/srs/>

WHERE{
srs:SRS334046	meo:MEO_0000429	[
	meo:MEO_0000434	?ncbitaxon; #分類によってpredicateを変える
	meo:MEO_0000430	?organismCount;
].
?ncbitaxon	rdfs:label	?taxon_label.
}ORDER BY DESC(?organismCount)
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