BH12.12/stanza titech/taxonomic composition env

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taxonomic composition(環境)

  • スタンザ概要--------------------------
    ある環境の系統組成
  • 入力----------------------------------
    SRS_ID
  • 出力----------------------------------
変数名説明URI or literal
?taxon_label系統名literal
?countSum相対存在量の和literal(double型)
  • 使用グラフ----------------------------
  • メモ----------------------------------
系統階層によって、predicateを変える
MEO_0000431 : Genus
MEO_0000432 : Family
MEO_0000433 : Order
MEO_0000434 : Class
MEO_0000435 : Phylum
MEO_0000436 : Domain
  • SPARQL query--------------------------

例:MEO_000054(feces)の系統組成

PREFIX rdfs: <http://www.w3.org/2000/01/rdf-schema#>
PREFIX srs: <http://www.ncbi.nlm.nih.gov/sra/>
PREFIX meo: <http://purl.jp/bio/11/meo/>

SELECT ?taxon_label (SUM(?organismCount) AS ?countSum)

FROM <http://microbedb.jp/meta16S_env/>
FROM <http://microbedb.jp/ncbitaxon/>
FROM <http://microbedb.jp/meo/>
FROM <http://microbedb.jp/srs/>

WHERE{
	?SRS_ID	meo:MEO_0000437	meo:MEO_0000054.
	meo:MEO_0000054	rdfs:label	?meo_label.
	
	?SRS_ID	meo:MEO_0000429	[
		meo:MEO_0000434	?ncbitaxon;
		meo:MEO_0000430	?organismCount;
	].
	
	?ncbitaxon rdfs:label ?taxon_label
	
}ORDER BY DESC(?countSum)

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