BH12.12/op.ENcode
提供：TogoWiki
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目標
- Encodeデータ（＋その他の公開データ）を使いやすい形で縮約・統合する。
- これを何人かで集まってお祭り的にやったら、個人でやるより良いものができそうだし、楽しそう。
- おまけとして、Encodeプロジェクトの研究者何人かを海外から BH2013 の枠組みで呼んでもらって、その場で色々と聞きながら作業できるかもしれない。
参加者（自由に付け加えてください）
- 八谷
- 大田
- 岩崎
- 鈴木(東工大)
- 山中(東大先端研)
記録
- それっぽいサンプルデータ（Gene Expression Atlasより）
事前TODO（自由に付け加えてください）
- メーリングリスト
- 論文一覧
- ENCODE輪読会まとめ
- 事前議論用google site wiki
- リソース・情報集め
- 全体像一枚絵 http://genome.ucsc.edu/ENCODE/aboutScaleup.html
- トピックごと分類 http://www.nature.com/encode/threads
- ゲノムブラウザ http://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgTracks?hgS_doOtherUser=submit&hgS_otherUserName=Kate&hgS_otherUserSessionName=encodePortalSession
- データ一覧 http://genome.ucsc.edu/ENCODE/dataSummary.html
- データ一覧 (細胞株x実験手法のマトリックス、ヒト) http://genome.ucsc.edu/ENCODE/dataMatrix/encodeDataMatrixHuman.html
- データ一覧（細胞株×実験手法のマトリックス、マウス） http://genome.ucsc.edu/ENCODE/dataMatrix/encodeDataMatrixMouse.html
- OpenHelixのチュートリアル http://www.openhelix.com/ENCODE2
- 参考
- Ensembl API http://asia.ensembl.org/info/docs/api/variation/variation_API_diagram.html
- Make a Searchable Online Database -or- I Love Google Spreadsheets http://katiepiatt.blogspot.jp/2011/05/make-searchable-online-database-or-i.html
- Creating HTML Links to IGV http://www.broadinstitute.org/software/igv/ControlIGV
- アイデア出し
- RegulomeDB http://regulome.stanford.edu/ は便利そうなので、もっと便利にするために、purifying selection 情報（ http://1.usa.gov/TuGRQ9 ）も同時に取得できるようにしたい。もし余力があれば、DRA等にある whole-genome sequencing や bisulfite sequencingデータから多型/メチル化をコールしておいて、多型情報、エピゲノム情報も同時に取得できるようにしたい。参考図： https://docs.google.com/open?id=0ByZXe0ow-VnhYXlyeklYcHRkbUE （八谷）
- RegulomeDB で，連鎖不平衡のブロック内にある別のSNPの情報もquery expansionのように，引っぱって来れるか？（尾崎）
- ライブラリプレップ・ツール・ツール実行時のパラメータ等のプロトコルの標準化をENCODEプロジェクトをネタにやってみる(おおた・すずき)
当日スケジュール（予定）
- 19日（世話人：大田）
- 有志で準備をすすめる・前夜祭
- 20日午前（世話人：八谷）
- キックオフミーティング・ブレスト
- 20日午後〜21日午前（世話人：大田・岩崎）
- 現状、具体的にどの生データ・縮約データがどういう形で利用可能・利用不可能かについてきちんと情報収集
- 著者にお願いすればもらえるのか、ライセンスはどうか、もうどこかでやっていないか etc
- 縮約データを配布するUIについて議論
- ゲノムブラウザ？Biomart的？GEO的？Galaxy的？
- どのような縮約データがどのような形で利用可能だと良いか、ニーズ出し
- 現状、具体的にどの生データ・縮約データがどういう形で利用可能・利用不可能かについてきちんと情報収集
- 21日午後（世話人：八谷）
- ツールとデータのプロトタイプ作りを始める
- 大きなNGSデータの計算なんかは始めても終わらないので後日
- ツールとデータのプロトタイプ作りを始める
