BH12.12/SPARQLthon6/MBGD
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オントロジーの標準化
とりあえずmbgd.owlというオントロジーを作成してあるが、これを、標準的なものにしたい。
オントロジー作成の一般的な手続きについて
- BioPortalにある、関連するオントロジーを探す(OntoFinder等を利用)
- BioPortalにある、関連するオントロジーを、Protegeにインポートする
- 新しいクラス・プロパティを作成し、既存のもののサブクラス・サブプロパティとするなどして、関連付ける
既存のオントロジー、スキーマ等
考察
- OrthoXMLとの互換性は、ポイントになるだろう
- OrthoXMLで記述されたデータを、"Ortholog Ontology"で記述された"OrthoRDF"に変換できるか
- "Ortholog Ontology"で記述された"OrthoRDF"を、OrthoXMLに変換できるか
- 各データベースにspecificな概念がどうしても出てくるだろう(MBGDしかり)
- "Ortholog Ontology"に基づいて、MBGD Ontologyを作るなどすればよい
- 作成した語彙を、なるべく既存の語彙と関連付けておく
"Ortholog Ontology"を使って記述した"OrthoRDF"の構造
RDFの標準化
- リソース
- rdf:type を付加する
- rdfs:label を付加するか、そのサブクラスを付加する
- リテラル
- データ型を付加する
- mbgd:protId, mbgd:uniprotId, mbgd:gtpsIdを、owl:seeAlsoのサブプロパティにする
- http://mbgd.genome.ad.jp/rdf/2012-01/default/cluster/1000
- →http://mbgd.genome.ad.jp/rdf/cluster/2012-01/default/1000
URIの実体の作成
- Virtuosoから、情報を取得する。
- リソースを主語として、述語、目的語を取得する。
- 結果をHTML形式で取得して、そのまま表示する。
- URIを主語とする文だけでなく、URIを目的語とする文も抽出すると
- →RDFにおける矢印を上流にも下流にもたどれるようになる