BH12.12/SPARQLthon6/MBGD

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SPARQLthon6

目次

オントロジーの標準化

とりあえずmbgd.owlというオントロジーを作成してあるが、これを、標準的なものにしたい。

オントロジー作成の一般的な手続きについて

  • BioPortalにある、関連するオントロジーを探す(OntoFinder等を利用)
  • BioPortalにある、関連するオントロジーを、Protegeにインポートする
  • 新しいクラス・プロパティを作成し、既存のもののサブクラス・サブプロパティとするなどして、関連付ける

既存のオントロジー、スキーマ等


考察

  • OrthoXMLとの互換性は、ポイントになるだろう
    • OrthoXMLで記述されたデータを、"Ortholog Ontology"で記述された"OrthoRDF"に変換できるか
    • "Ortholog Ontology"で記述された"OrthoRDF"を、OrthoXMLに変換できるか


  • 各データベースにspecificな概念がどうしても出てくるだろう(MBGDしかり)
    • "Ortholog Ontology"に基づいて、MBGD Ontologyを作るなどすればよい


  • 作成した語彙を、なるべく既存の語彙と関連付けておく


"Ortholog Ontology"を使って記述した"OrthoRDF"の構造

スライド2.jpg

RDFの標準化

  • リソース
    • rdf:type を付加する
    • rdfs:label を付加するか、そのサブクラスを付加する
  • リテラル
    • データ型を付加する


  • mbgd:protId, mbgd:uniprotId, mbgd:gtpsIdを、owl:seeAlsoのサブプロパティにする


URIの実体の作成

  • Virtuosoから、情報を取得する。
    • リソースを主語として、述語、目的語を取得する。
    • 結果をHTML形式で取得して、そのまま表示する。
    • URIを主語とする文だけでなく、URIを目的語とする文も抽出すると
      • →RDFにおける矢印を上流にも下流にもたどれるようになる
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