BH12.12/SPARQLthon5/TogoAnnotation
提供：TogoWiki
目次 |
TogoAnnotation
- RDFアップデート
- CyanoBase, RhizoBaseのドメイン変更に伴いDB内のブックマークURLデータを変更した。
CyanoBase拡張
遺伝子セットと遺伝子メンバーのRDF
- 遺伝子セット
- ppi
- protein complex
- operon
例）
@prefix mdb: <http://genome.microbedb.jp/terms/> . @prefix rdfs: <http://www.w3.org/2000/01/rdf-schema#> . @prefix mdb: <http://genome.microbedb.jp/terms/> . @prefix owl: <http://www.w3.org/2002/07/owl#> . @prefix xsd: <http://www.w3.org/2001/XMLSchema#> . @prefix rdf: <http://www.w3.org/1999/02/22-rdf-syntax-ns#> . @prefix skos: <http://www.w3.org/2004/02/skos/core#> . <http://wiki.annotation.jp/Genome:Anabaena_sp._PCC_7120/Allophycocyanin> rdfs:label "Anabaena_sp._PCC_7120/Allophycocyanin" ; mdb:type "http://genome.microbedb.jp/terms/protein_complex" ; a skos:Collection ; skos:member <http://genome.microbedb.jp/cyanobase/Anabaena/genes/all0450> , <http://genome.microbedb.jp/cyanobase/Anabaena/genes/alr0021> , <http://genome.microbedb.jp/cyanobase/Anabaena/genes/alr0022> , <http://genome.microbedb.jp/cyanobase/Anabaena/genes/asr0023> , <http://genome.microbedb.jp/cyanobase/Anabaena/genes/all3653> , <http://genome.microbedb.jp/cyanobase/Anabaena/genes/alr0020> , <http://genome.microbedb.jp/cyanobase/Anabaena/genes/all2327> . <http://wiki.annotation.jp/Genome:Anabaena_sp._PCC_7120/Bidirectional_hydrogenase> rdfs:label "Anabaena_sp._PCC_7120/Bidirectional_hydrogenase" ; mdb:type "http://genome.microbedb.jp/terms/protein_complex" ; a skos:Collection ; skos:member <http://genome.microbedb.jp/cyanobase/Anabaena/genes/alr0764> , <http://genome.microbedb.jp/cyanobase/Anabaena/genes/alr0766> , <http://genome.microbedb.jp/cyanobase/Anabaena/genes/alr3843> , <http://genome.microbedb.jp/cyanobase/Anabaena/genes/alr0762> , <http://genome.microbedb.jp/cyanobase/Anabaena/genes/alr0752> .
- 遺伝子セット（skos:Collection）と遺伝子（skos:member）で記述
- operonなどはOrderedCollection/memberList ＋推論 として扱えるとよい。
select
?geneset_label, ?geneset, ?type, (sql:GROUP_CONCAT(?gene_label, ", ")) as ?gene_member, (sql:GROUP_CONCAT(?o, ", ")) as ?gene_urls
where
{
?geneset ?p ?o.
#?geneset ?p <http://genome.microbedb.jp/cyanobase/Synechocystis/genes/sll0520>.
?geneset <http://genome.microbedb.jp/terms/type> ?type.
#?geneset <http://genome.microbedb.jp/terms/type><http://genome.microbedb.jp/terms/protein_complex>.
?geneset <http://www.w3.org/2000/01/rdf-schema#label> ?geneset_label.
?geneset a <http://www.w3.org/2004/02/skos/core#Collection>.
Filter(?p = <http://www.w3.org/2004/02/skos/core#member>)
?o <http://www.w3.org/2000/01/rdf-schema#label> ?gene_label.
#Filter( ?type = <http://genome.microbedb.jp/terms/operon>)
} order by ?geneset
- cyanobase/Synechocystis/genes/sll0520 の遺伝子セットとメンバーの検索
select
?geneset_label, ?geneset, ?type, (sql:GROUP_CONCAT(?gene_label, ", ")) as ?gene_member, (sql:GROUP_CONCAT(?o, ", ")) as ?gene_urls
where
{
?geneset ?p ?o.
?geneset ?p <http://genome.microbedb.jp/cyanobase/Synechocystis/genes/sll0520>.
?geneset <http://genome.microbedb.jp/terms/type> ?type.
?geneset <http://www.w3.org/2000/01/rdf-schema#label> ?geneset_label.
?geneset a <http://www.w3.org/2004/02/skos/core#Collection>.
Filter(?p = <http://www.w3.org/2004/02/skos/core#member>)
?o <http://www.w3.org/2000/01/rdf-schema#label> ?gene_label.
} order by ?geneset
履歴管理と運用
- Voidは http://www.w3.org/TR/void/ の6.2 Publishing a VoID file alongside a dataset に http://example.com/void.ttl#MyDataset.
- Best Practice Recipes for Publishing RDF Vocabularies http://www.w3.org/TR/swbp-vocab-pub/
- /sparql
