BH12.12/SPARQLthon2/MBGD
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目次 |
RDF化
- extended tableの情報をRDF化した
- リソースに対して rdf:type を付加した
- 実験的に、遺伝子IDの間をowl:sameAsでつないでみた
- (→さまざまな遺伝子IDからの検索が、楽にできるか)
エンドポイントの設定
- 1つのマシン上に、ポートを分けて、複数のVirtuosoを立ち上げた
- Virtuosoを、マシン起動時に起動するようにした
- OWLIMにOWLファイルをロードした
SPARQL検索
- 登録ゲノム数を数える
PREFIX mbgd: <http://mbgd.genome.ad.jp:8036/rdf/rdf-schema#> select count(*) where { $s a mbgd:Genome. }
http://sparqlbin.com/#a7b0c99de82283130698f8f0f2bef8b5
- 登録遺伝子数を数える
PREFIX mbgd: <http://mbgd.genome.ad.jp:8036/rdf/rdf-schema#> select count(*) where { $s a mbgd:Gene. }
- 登録したトリプルを数える
PREFIX mbgd: <http://mbgd.genome.ad.jp:8036/rdf/rdf-schema#> select count(*) from <http://mbgd.genome.ad.jp:8036/rdf/genome> from <http://mbgd.genome.ad.jp:8036/rdf/gene> from <http://mbgd.genome.ad.jp:8036/rdf/orthogroup> from <http://mbgd.genome.ad.jp:8036/rdf/uniprot> from <http://mbgd.genome.ad.jp:8036/rdf/gtps> where { $s $p $o. }
- 遺伝子"rpoB"のオーソログクラスターのメンバーを、GTPS IDで取得
PREFIX mbgd: <http://mbgd.genome.ad.jp:8036/rdf/rdf-schema#> select $gtpsId where { $cluster mbgd:gene "rpoB". $cluster mbgd:member $domain. $domain mbgd:domainOf $gene. $gene mbgd:gtpsId $gtpsId. }
- 遺伝子"rpoB"のオーソログクラスターのメンバーを、RefSeq IDで取得
PREFIX mbgd: <http://mbgd.genome.ad.jp:8036/rdf/rdf-schema#> select $protId where { $cluster mbgd:gene "rpoB". $cluster mbgd:member $domain. $domain mbgd:domainOf $gene. $gene mbgd:protId $protId. }
Tips
- VirtuosoにREST APIで問い合わせると、select文に対して最大10,000行が返された
- virtuoso.ini の ResultsSetMaxRows で設定できるっぽい
References
SPARQL