BH12.12/SPARQLthon15/MBGD

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SPARQLthon15

目次

サーバー整備

  • 新しいVirtuoso7を、SSDにインストールした
    • 検索速い
    • 結果が得られなかったクエリの結果が返るようになった

GOアノテーションのRDF化

  • クラスターに対してGO IDをアサインメントしたものをRDF化
  • MBGDの遺伝子に対してGO IDを付加したものをRDF化
  • GOの階層構造は、UniProt からダウンロードした、go.rdf をロードして利用

検索例

  • eggNOG とのオーバーラップを検索
    • 共通メンバーのカウント -> バグ?
    • オーバーラップしているメンバーのみをフィルター
    • オーバーラップ長を計算できるか?
  • GO - ortholog clusters - phylogenetic profiles
    • 1つのGOから出発しても、複数のプロファイルが得られる
    • プロファイルの一致をSPARQLで書けるか:文字列パターンに対するgrep?

Todo

  • phylogenetic profile を Familyレベルで集計する
  • カウント -> 割合 -> まとめてベクトル
    • phylogenetic profile
    • GO profile
  • GO階層を利用した検索


ややむずかしい?

  • 系統プロファイル間のマッチング
    • 文字列マッチ?
  • 階層型オーソログクラスターのRDF化
    • 厳密なオーソログ検索

DB連携

  • 236/GR16 はテスト用に使ってよい
  • クラスタに対するアノテーションを付加して、gitに戻すようにする

Memo

  • Virtuoso
    • Virtuosoのメモリ使用量の設定が少ないと、ロードのときに困るかも
      • 特に、SSDでないときには、止まってしまうかもしれない
    • データを大量にロードした後でも、クエリの処理に問題はなさそうな感じ
    • ロードに先立って、チェックポイントを短くする必要はないかもしれない
  • UniProtで使われているN4形式が見やすい
  • NIBBに新しいまとめサイト(MediaWiki)
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