BH12.12/SPARQLthon13/TogoAnnotator

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目次

プロジェクト履歴

プロジェクト概要

  1. 配列相同性での自動遺伝子アノテーションパイプライン(MiGAP, NITE自動アノテーションパイプライン)の結果を入力にして、NITEゲノムアノテーションルールを適用した遺伝子名を出力する
  2. オルソログクラスターに含まれる遺伝子名を入力にして、適切な遺伝子名を生成する

進捗

性能検証プランの設計

  1. 自動アノテーションパイプライン(NITE)を通ったデータ(A)を用意する
  2. Aに対してプログラムの出力した結果(P)と、キュレーターの作業した結果(C)を独立に用意する
  3. Aは同一キュレーターにしょりキュレーションされた別生物種のデータを複数セット用意する
  4. データの各エントリ(デフィニション)について、PとCを比較する(自動処理)
    • PとCが全く同じ:True Positive
    • Pがno hitではなく、かつCと異なる場合:False Positive
    • Pがno hitの場合:False Negative
    • Pがno hitで、Cも無い場合(ってあり得ますか?):True Negativeになります。

メンバー

  • 市川さん(ickw)
  • 山本さん (yy)
  • 岡本 (so)
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