BH12.12/SPARQLthon13/COG

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目次

COG Function Ontologyの開発

微生物のゲノムやメタゲノム中の遺伝子機能組成を要約する目的で、COG (Clusters of Orthologous Groups)は非常に良く使われている。 COGの使いやすい点として、約4800の各COGが、Carbohydrate transport and metabolism等の21の大まかな機能分類に分類されていることにある。 COG自体は既に更新がされていないが、Prokaryotesの環状マップやゲノムブラウザ上での各遺伝子の色分け、メタゲノムサンプル間の遺伝子機能組成の大まかな違いを比較する等の様々な用途で、COGの21の機能分類は利用されている。

現状、COG自体はRDF/OWLにはなっておらず、Clusters of Orthologous Groups (COG) Analysis Ontology というものはBioPortalに登録されているが、階層構造が上位オントロジーを意識されていたりして、我々にとっては色々と使いにくい。

そのため、COG関連を一気にRDF/OWL化することにした。

作ったもの

  • COG Function Ontology
  • COG Color Property RDF
  • COG ID to COG Function Category RDF

COG Function Ontology

こんな感じ 

 <owl:Class rdf:about="http://purl.jp/11/cog/P">
   <rdfs:label rdf:datatype="http://www.w3.org/2001/XMLSchema#string"
   >Inorganic ion transport and metabolism</rdfs:label>
   <rdfs:subClassOf>
     <owl:Class rdf:about="http://purl.jp/11/cog/COGFunction"/>
   </rdfs:subClassOf>
 </owl:Class>
 <owl:Class rdf:about="http://purl.jp/11/cog/L">
   <rdfs:label rdf:datatype="http://www.w3.org/2001/XMLSchema#string"
   >Replication, recombination and repair</rdfs:label>
   <rdfs:subClassOf>
     <owl:Class rdf:about="http://purl.jp/11/cog/COGFunction"/>
   </rdfs:subClassOf>
 <owl:Class rdf:about="http://purl.jp/11/cog/-">
   <rdfs:subClassOf>
     <owl:Class rdf:about="http://purl.jp/11/cog/COGFunction"/>
   </rdfs:subClassOf>
   <rdfs:label rdf:datatype="http://www.w3.org/2001/XMLSchema#string"
   >Not in COGs</rdfs:label>
 </owl:Class>
 <owl:Class rdf:about="http://purl.jp/11/cog/COGFunction">
   <rdfs:subClassOf rdf:resource="http://www.w3.org/2002/07/owl#Thing"/>
   <rdfs:label rdf:datatype="http://www.w3.org/2001/XMLSchema#string"
   >COG Function</rdfs:label>
 </owl:Class>

COG Color Property RDF

こんな感じ 

@prefix cogo: <http://purl.jp/11/cog/> .

cogo:A cogo:color "http://purl.org/colors/rgb/139,69,19" .
<http://purl.org/colors/rgb/139,69,19> rdf:label "139,69,19" .

cogo:B cogo:color "http://purl.org/colors/rgb/165,42,42" .
<http://purl.org/colors/rgb/165,42,42> rdf:label "165,42,42" .

COG ID to COG Function Category RDF

こんな感じ 

@prefix cogo: <http://purl.jp/11/cog/> .

cogo:COG0001    rdfs:label      "Glutamate-1-semialdehyde aminotransferase".
cogo:COG0001    rdf:type        cogo:H.

cogo:COG0002    rdfs:label      "Acetylglutamate semialdehyde dehydrogenase".
cogo:COG0002    rdf:type        cogo:E.

cogo:COG0003    rdfs:label      "Oxyanion-translocating ATPase".
cogo:COG0003    rdf:type        cogo:P.

今後はOrtholog Ontology, MBGD Ontology等との連携を取りながら、まずは微生物統合DBでこれを利用したStanzaを構築する予定

メンバー

  • 森
  • 藤澤
  • 千葉
  • 西出
「/mw/BH12.12/SPARQLthon13/COG」より作成