BH12.12/SPARQLthon12/MBGD

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SPARQLthon12

目次

Stanza

http://tranquil-eyrie-3871.herokuapp.com/ortho_env?gene_id=slr1311&tax_id=1111708
http://tranquil-eyrie-3871.herokuapp.com/ortholog_metagenome_profile?gene_id=slr1311&tax_id=1111708
http://tranquil-eyrie-3871.herokuapp.com/ortholog_disease_profile?gene_id=slr1311&tax_id=1111708

OrthoXML の RDF化

  • SPARQL endpoint にロードしてみた
  • query
PREFIX orth: <http://mbgd.genome.ad.jp/owl/ortholog.owl#>
PREFIX inparanoid: <http://inparanoid.sbc.su.se/cgi-bin/faq.cgi#>

SELECT ?groupId ?memberId ?organism ?databaseName ?version ?gene ?protein ?bit ?inparalog ?bootstrap
WHERE {
    ?group a orth:OrthologGroup ;
           orth:dataset <http://orthoxml.org/0.3/orthoxml_doc_v0.3.html#example> ;
           orth:member ?member .
    ?member orth:organism [rdfs:label ?organism ; 
                           orth:database ?database ;
                           orth:version ?version ] .
    OPTIONAL {
        ?member orth:gene ?gene .
    }
    OPTIONAL {
        ?member orth:protein ?protein .
    }
    OPTIONAL {
        ?group inparanoid:bit ?bit
    }
    OPTIONAL {
        ?member inparanoid:inparalog ?inparalog
    }
    OPTIONAL {
        ?member inparanoid:bootstrap ?bootstrap
    }
    ?group rdfs:label ?groupId .
    ?member rdfs:label ?memberId .
    ?database rdfs:label ?databaseName .
}
ORDER BY ?member
  • query (OGO version)
PREFIX ogo: <http://miuras.inf.um.es/ontologies/OGO.owl#>

SELECT ?group ?member ?organism ?database ?gene ?protein
WHERE {
    ?group a ogo:Cluster ;
           ogo:hasOrthologous ?member .
    ?member ogo:fromSpecies [rdfs:label ?organism] ;
            ogo:hasResource ?database .
    OPTIONAL {
        ?member ogo:Identifier ?gene .
    }
    OPTIONAL {
        ?member ogo:isTranslatedTo [ogo:Identifier ?protein] .
    }
}
ORDER BY ?member

Memo

  • Virtuosoのプロセスを複数立ち上げてみた

新しいディレクトリを作って、virtuoso.iniを配置・編集して、virtuoso-tを起動

path_to_virtuoso_bin/virtuoso-t

デフォルトでない設定ファイルを使用する場合

path_to_virtuoso_bin/virtuoso-t -c virtuoso2.ini

または

path_to_virtuoso_bin/virtuoso-t +configfile virtuoso2.ini


  • Virtuosoのmakeの最後で、サービスの起動に失敗した -> /tmp/virt_1111を削除したらうまくいった。
  • Virtuosoのバグについて
    • グラフ名の列挙にバグがある -> order by をつけると正常になるようだ
      • そもそも異様に遅い
    • ORDER BYにより結果が変化 -> 数値のソートなら正常なようだ
  • グラフ名 http://example.com でロードしたのち、グラフのリストを確認すると、http://example.com/ と/が付加されている
    • 他のグラフの場合はそうなってなかった

Disease Environment and Ortholog data integrated via federated queries.

  • Performance issue (probably due to uniprot not supporting VALUES keyword yet)
    • SELECT on database A before passing it to database B
    • Use SPARQL query templates to stream in lists from the previous queries
    • Easy access to SPARQL data via CLI
個人用ツール