BH12.12/SPARQLthon11/Taxonomy

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目次

OBO版Taxonomy.owlの問題点

  • 2013年1月から更新されていない
  • taxonomy id相当のリソースURL体系が複数あってSPARQLが書きにくい
  • ncbiのtaxdumpにある情報を落としている

ncbi_taxonomy.owlの調査

http://purl.obolibrary.org/obo/ncbitaxon.owl が25-Jan-2013で最新

obofoundary.org

リンクのoboとowlは対応してない

    ncbitaxon.obo          24-Jan-2013 15:18     183M     
    ncbitaxon.owl          25-Jan-2013 12:51     802M
    ncbi_taxonomy.obo     13-Jun-2012 14:22     130M
    ncbi_taxonomy.owl          13-Jun-2012 14:59     560M
    ncbi_taxonomy.owl2     13-Jun-2012 16:43     219M

bioportal

ncbi_taxonomy_v1.2.zip 12/12/2011 (release date)

ncbi_taxonomy.owl の作り方

1. go-perlをインストール

%cpanm go-perl 

2. ソースファイルを取得する # the flatfile version produced at EBI daily for use in SRS.

%wget  ftp://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/taxonomy/taxonomy.dat

3. ソースファイルをowlに変換する

go2fmt.pl -format ncbi_taxonomy -xslt oboxml_to_owl  taxonomy.dat > ncbi_taxonomy-2013-06-18.owl
[6/19/13 1:00:15 AM] 藤澤貴智: 試しに ncbitaxon.owl変換を実行中ですが、タイムスタンプを見る限り1日近くかかるらしい。

ncbi_taxonomy.owlの中身

  • select distinct ?Concept where {[] a ?Concept}
Concept
http://www.w3.org/2002/07/owl#Class
http://www.w3.org/2002/07/owl#AnnotationProperty
http://www.w3.org/2002/07/owl#Ontology
http://www.w3.org/2002/07/owl#Axiom
  • select distinct ?p { ?s ?p ?o. }
p
http://www.w3.org/1999/02/22-rdf-syntax-ns#type
http://www.w3.org/2000/01/rdf-schema#label
http://www.w3.org/2000/01/rdf-schema#subClassOf
http://purl.obolibrary.org/obo/ncbitaxon#has_rank
http://www.geneontology.org/formats/oboInOwl#hasExactSynonym
http://www.geneontology.org/formats/oboInOwl#hasAlternativeId
http://www.geneontology.org/formats/oboInOwl#hasBroadSynonym
http://www.geneontology.org/formats/oboInOwl#hasDbXref
http://www.geneontology.org/formats/oboInOwl#hasOBONamespace
http://www.geneontology.org/formats/oboInOwl#hasRelatedSynonym
http://www.w3.org/2000/01/rdf-schema#comment
http://www.w3.org/2000/01/rdf-schema#subPropertyOf
http://purl.obolibrary.org/obo/IAO_0000115
http://www.geneontology.org/formats/oboInOwl#hasScope
http://www.w3.org/2002/07/owl#versionIRI
http://www.geneontology.org/formats/oboInOwl#hasSynonymType
http://www.w3.org/2002/07/owl#annotatedProperty
http://www.w3.org/2002/07/owl#annotatedSource
http://www.w3.org/2002/07/owl#annotatedTarget

o

http://purl.obolibrary.org/obo/NCBITaxon_subkingdom
http://purl.obolibrary.org/obo/NCBITaxon_class
http://purl.obolibrary.org/obo/NCBITaxon_family
http://purl.obolibrary.org/obo/NCBITaxon_forma
http://purl.obolibrary.org/obo/NCBITaxon_genus
http://purl.obolibrary.org/obo/NCBITaxon_order
http://purl.obolibrary.org/obo/NCBITaxon_phylum
http://purl.obolibrary.org/obo/NCBITaxon_species
http://purl.obolibrary.org/obo/NCBITaxon_species_group
http://purl.obolibrary.org/obo/NCBITaxon_subfamily
http://purl.obolibrary.org/obo/NCBITaxon_suborder
http://purl.obolibrary.org/obo/NCBITaxon_subspecies
http://purl.obolibrary.org/obo/NCBITaxon_subtribe
http://purl.obolibrary.org/obo/NCBITaxon_superfamily
http://purl.obolibrary.org/obo/NCBITaxon_superkingdom
http://purl.obolibrary.org/obo/NCBITaxon_superphylum
http://purl.obolibrary.org/obo/NCBITaxon_tribe
http://purl.obolibrary.org/obo/NCBITaxon_varietas
http://purl.obolibrary.org/obo/NCBITaxon_infraorder
http://purl.obolibrary.org/obo/NCBITaxon_superorder
http://purl.obolibrary.org/obo/NCBITaxon_kingdom
http://purl.obolibrary.org/obo/NCBITaxon_superclass
http://purl.obolibrary.org/obo/NCBITaxon_infraclass
http://purl.obolibrary.org/obo/NCBITaxon_subclass
http://purl.obolibrary.org/obo/NCBITaxon_subgenus
http://purl.obolibrary.org/obo/NCBITaxon_species_subgroup
http://purl.obolibrary.org/obo/NCBITaxon_parvorder
http://purl.obolibrary.org/obo/NCBITaxon_subphylum

ncbi taxdump

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