BH12.12/SPARQLthon10/TogoGenome
提供：TogoWiki
目次 |
全体のコンセプト
- ライフサイエンスの白地図としてのゲノム情報を中心としたデータ統合
- スタンザによるモジュール化と分散サービス・再利用性の向上
- UniProt/RefSeq データの INSDC/FALDO オントロジーを利用した統合 + Nanopub による独自アノテーションの融合
- これまで見えにくかった大量データの全体像が把握できる統計処理
- 解析すべき遺伝子ランキング、ユーザのデータに対するヒト以外に対する 23andMe のようなレポートなど
デザインのレビュー
- 永野さんの新デザインを検討、コメント
- ８月上旬デザイン完成、中旬デザインの適用、下旬完成
ゲノムブラウザ
- JBrowse をもらうかどうか
- 永野さんにデザインを当ててもらう？
- メタゲノムのマッピングをして表示したいニーズがある
- GenoDive?
- SPARQL endpoint / FALDO を利用した DAS サーバを立てれば利用できそう
- Chromozoom ?
ID リゾルバ
- EdgeStore を利用
全文検索
- Google のようにキーワードで TogoGenome を検索
データ追加
- Nanopub 形式で、env/org/gene レポートごとに追記可能な仕組みを作る
- FALDO をつかって配列座標を元にしたアノテーションができるもの
- レポートページの URI に対するアノテーションを追加できるもの
対応生物種
- ヒト：対応どうするか
- 原核：シアノ以外の対応状況 → 生物種増によるパフォーマンス問題
