BH12.12/LOD Metalloprotein

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目次

目標

[1]

参加者

  • 川島武士 (かわしま たけし)
  • 川島秀一 (かわしま しゅういち)
  • 込山悠介(こみやま ゆうすけ)
  • 番野雅城 (ばんの まさき)

現状

[2]

Day 1

周期表

1                                  "第18族元素"18
1
"水素" H
"第2族元素"2                     "第13族元素"13 "第14族元素"14 "第15族元素"15 "第16族元素"16 "第17族元素"17 2
"ヘリウム"He
3
"リチウム"Li
4
"ベリリウム"Be
                    5
"ホウ素"B
6
"炭素"C
7
"窒素"N
8
"酸素"O
9
"フッ素"F
10
"ネオン"Ne
11
"ナトリウム"Na
PDB_full: (450)
PDB_bind: (xxx)
12
"マグネシウム"Mg
PDB_full: (3730)
PDB_bind: (2529)
"第3族元素"3 "第4族元素"4 "第5族元素"5 "第6族元素"6 "第7族元素"7 "第8族元素"8 "第9族元素"9 "第10族元素"10 "第11族元素"11 "第12族元素"12 13
"アルミニウム">Al
PDB_full: (4)
PDB_bind: (xxx)
14
"ケイ素"Si
PDB_full: (4)
PDB_bind: (xxx)
15
"リン"P
16
"硫黄"S
17
"塩素"Cl
18
"アルゴン"Ar
19
"カリウム"K
PDB_full: (1312)
PDB_bind: (xxx)
20
"カルシウム"Ca
PDB_full: (6380)
PDB_bind: (1661)
21
"スカンジウム"Sc
22
"チタン"Ti
23
"バナジウム"V
PDB_full: (1)
PDB_bind: (57)
24
"クロム"Cr
PDB_full: (7)
PDB_bind: (5)
25
"マンガン"Mn
PDB_full: (1790)
PDB_bind: (567)
26
"鉄"Fe
PDB_full: (987)
PDB_bind: (1041)
27
"コバルト"Co
PDB_full: (450)
PDB_bind: (249)
28
"ニッケル"Ni
PDB_full: (638)
PDB_bind: (350)
29
"銅"Cu
PDB_full: (825)
PDB_bind: (197)
30
"亜鉛"Zn
PDB_full: (7693)
PDB_bind: (1947)
31
"ガリウム"Ga
32
"ゲルマニウム"Ge
33
"ヒ素"As
PDB_full: (4)
PDB_bind: (xxx)
34
"セレン"Se
35
"臭素"Br
PDB_full: (228)
PDB_bind: (N/A)
36
"クリプトン"Kr
37
"ルビジウム"Rb
38
"ストロンチウム"Sr
39
"イットリウム"Y
40
"ジルコニウム"Zr
41
"ニオブ"Nb
42
"モリブデン"Mo
PDB_full: (27)
PDB_bind: (47)
43
"テクネチウム"Tc
44
"ルテニウム"Ru
45
"ロジウム"Rh
46
"パラジウム"Pd
47
"銀"Ag
48
"カドミウム"Cd
49
"インジウム"In
50
"スズ"Sn
51
"アンチモン"Sb
52
"テルル"Te
53
"ヨウ素"I

PDB_full: (13)
PDB_bind: (xxx)
uniprot/P01266
54
"キセノン"Xe
55
"セシウム"Cs
56
"バリウム"Ba
*1 72
"ハフニウム"Hf
73
"タンタル"Ta
74
"タングステン"W
PDB_full: (7)
PDB_bind: (70)
75
"レニウム"Re
76
"オスミウム"Os
77
"イリジウム"Ir
78
"白金"Pt
79
"金"Au
80
"水銀"Hg
81
"タリウム">Tl
82
"鉛"Pb
83
"ビスマス"Bi
84
"ポロニウム"Po

PDB_full: (0)
PDB_bind: (xxx)
in discussion
85
"アスタチン"At
86
"ラドン"Rn
87
"フランシウム">Fr</a>
88
"ラジウム">Ra
*2 104
"ラザホージウム">Rf
105
"ドブニウム">Db
106
"シーボーギウム">Sg
107
"ボーリウム">Bh
108
"ハッシウム">Hs
109
"マイトネリウム">Mt
110
"ダームスタチウム">Ds
111
"レントゲニウム">Rg
112
"コペルニシウム">Cn
113
"ウンウントリウム">Uut
114
"フレロビウム">Fl
115
"ウンウンペンチウム">Uup
116
"リバモリウム">Lv
117
"ウンウンセプチウム">Uus
118
"ウンウンオクチウム">Uuo
 
*1"ランタノイド">ランタノイド</a>: 57
"ランタン">La
58
"セリウム">Ce<
59
"プラセオジム">Pr
60
"ネオジム">Nd
61
"プロメチウム">Pm
62
"サマリウム">Sm
63
"ユウロピウム">Eu
64
"ガドリニウム">Gd
65
"テルビウム">Tb
66
"ジスプロシウム">Dy
67
"ホルミウム">Ho
68
"エルビウム">Er
69
"ツリウム">Tm
70
"イッテルビウム">Yb
71
"ルテチウム">Lu
*2"アクチノイド">アクチノイド</a>: 89
"アクチニウム">Ac</a>
90
"トリウム">Th</a>
91
"プロトアクチニウム">Pa</a>
92
"ウラン">U</a>
in discussion
93
"ネプツニウム">Np</a>
94
"プルトニウム">Pu</a>
95
"アメリシウム">Am</a>
96
"キュリウム">Cm</a>
97
"バークリウム">Bk</a>
98
"カリホルニウム">Cf</a>
99
"アインスタイニウム">Es</a>
100
"フェルミウム">Fm</a>
101
"メンデレビウム">Md</a>
102
"ノーベリウム">No</a>
103
"ローレンシウム">Lr</a>
1 常温で固体</a>   金属元素</a>   アルカリ金属</a>
1 常温で液体</a>   半金属元素</a>   アルカリ土類金属</a>
1 常温で気体</a>   非金属元素</a>   ハロゲン</a>
      人工元素</a>   希ガス</a>
          遷移元素</a>
  • 原子番号93~103は、超ウラン元素であり、地球上では自然には存在しない。濃紫(#4B0082)で記している
  • 原子番号103以降は、超重元素であり、地球上では自然には存在しない。濃紫(#4B0082)で記している

文献調査

Day 2

PDB_full: の集計方法

PDB中に含まれている化合物情報を見て、対象の金属単体を含んでいる PDBID の一覧を取得
取得されたPDBIDの総数をカウントした。


PDB_bind: の集計方法

金属原子を含むリガンドとPDBファイル中で5Å以内に接近しているタンパク質を金属結合タンパク質とした。
冗長性を除くために配列相同性が70%以上のタンパク質の中から代表タンパク質一つ選びそれ以外をデータから除き、
最終的に残ったタンパク質の総数をカウントした。

データを見るうえでの注意点

※1.以前行った金属結合部位の解析結果を流用しており、そのとき解析されなかった元素についてはN/Aと表記しています。
※2.PDB_full と PDB_bind は下記のような集計方法の違いから数が食い違う場合があります。
PDB_full は金属単体として含んでいるものを対象にしており、PDB_bindは対象金属元素を含んでいるリガンド全て(有機金属なども含む)を対象としている。
PDB_bind は配列相同性をもとに冗長性を除去している。

PDB_fullのリストのtsv置き場

  • 最初に赤と青でハイライトされていた元素のみ (12/20 14:00現在)

http://54.248.221.4/data/Metalloprotein/

後でリンクをはります

PDB_bindingのリストのtsv置き場

http://54.248.221.4/data/Metalloprotein/binding/

2列目のカラムはリガンド5周辺5Å以内に出現した残基数です。

各元素とPDB中で使われる化合物の3桁IDの対応表

http://54.248.221.4/data/Metalloprotein/hetatm_element

2列目のカラムはその化合物の元素の組成式 ※化合物のIDが存在するだけでそれを含む結晶構造が存在しない場合もあります。

Day 3

  • 二日目までの調査では、生体内元素の知見については、なぜかヒトのことばかりがよくまとめられ議論に利用されるが、他の生物についてはあまり良いデータがみつからないことが分かってきた。(さらに調査必要)
  • 地質データのRDF化について、東大、遠藤一佳先生、小宮剛先生と、議論(13:00 ~ )。
  • 地質データについて、典型的なサンプリングデータの論文を教えてもらった。
  • データ内容は、
  • サンプル番号、採取地域名、採取地層名、採取岩石名、炭素同位体計測値、Mg, Ca, Mn, Srなどの計測値。
  • また、それぞれのサンプル番号には、GPSデータが付属する。
  • 採取地層名や、採取岩石名などはオントロジーにする必要がある。
  • サンプル番号に付随するGPSデータなどは、既存の地図データの利用を考える。
  • 地質の分析データと化石の分析データは、別個におこなうということが分かった。化石データについても、具体例を利用できるように相談する。
  • 地質中や化石中の含有元素については、決まった元素についてしか調べない。たとえば、MgとCaの含有比など。希に、他の元素も調べることもある。でもサンプルさえ残っていれば、どんな元素についても再度調べ直すことが可能。これらについては、今後の課題だ。

Sample Formation Member Level Interval Lithology δ13C error δ18O Error Carbonate Ca/Mg Mn/Sr* number (m) (‰PDB) (2σ) (‰PDB) (2σ) abundaces (wt%)

S100401-01 Dengying Shibantan 1.64 PI-5 Black limestone 4.12 0.07 − 6.01 0.22 97.93 32.53 0.07

Link

  • Back to home [4]
  • MetLigDB [5]
  • MetalMine [6]
  • metallo-scripps. [7]
  • oxfordjournal [8]
  • 鉱物のデータベース
  • ATHENA [9]
  • RRUFF [10]
  • 鉱物のラマンスペクトルのデータベース
  • Mineralogy Database [11]

Textbook

  • 生物無機化学 [12]
  • "The biological chemistry of the elements - The inforganic chemistry of life" Frausto et al, Oxford, [13]
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