BH12.12/FacetSearchQuery

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目次

クエリ

指定なし(全件)

DEFINE sql:select-option "order"
PREFIX mccv: <http://purl.jp/bio/01/mccv#>
PREFIX meo: <http://purl.jp/bio/11/meo/>
PREFIX mpo: <http://purl.jp/bio/01/mpo#>
PREFIX up: <http://purl.uniprot.org/core/>
PREFIX go: <http://purl.uniprot.org/go/>

SELECT DISTINCT ?uniprot_id ?uniprot_up ?recommended_name ?taxonomy_id ?taxonomy_name
WHERE
{
  GRAPH <http://togogenome.org/graph/tgtax/>
  {
    ?taxonomy_id rdfs:subClassOf <http://identifiers.org/taxonomy/1>
  }
  GRAPH <http://togogenome.org/graph/taxonomy/>
  {
    ?taxonomy_id rdfs:label ?taxonomy_name .
  }
  GRAPH <http://togogenome.org/graph/tgup/>
  {
    ?togogenome rdfs:seeAlso ?taxonomy_id .
    ?togogenome rdfs:seeAlso ?uniprot_id .
    ?uniprot_id rdfs:seeAlso ?uniprot_up .
  }
  GRAPH <http://togogenome.org/graph/uniprot/>
  {
    ?uniprot_up up:recommendedName/up:fullName ?recommended_name .
  }
} LIMIT 25

GO指定

GO

  • 単一GO
DEFINE sql:select-option "order"
PREFIX mccv: <http://purl.jp/bio/01/mccv#>
PREFIX meo: <http://purl.jp/bio/11/meo/>
PREFIX mpo: <http://purl.jp/bio/01/mpo#>
PREFIX up: <http://purl.uniprot.org/core/>
PREFIX go: <http://purl.uniprot.org/go/>

SELECT DISTINCT ?uniprot_id ?uniprot_up ?recommended_name ?taxonomy_id ?taxonomy_name
WHERE
{
  GRAPH <http://togogenome.org/graph/goup/>
  {
     go:0009987 up:classifiedWith ?uniprot_id .
  }
  GRAPH <http://togogenome.org/graph/tgup/>
  {
    ?togogenome rdfs:seeAlso ?uniprot_id .
    ?togogenome rdfs:seeAlso ?taxonomy_id .
    ?uniprot_id rdfs:seeAlso ?uniprot_up .
  }
  GRAPH <http://togogenome.org/graph/uniprot/>
  {
    ?uniprot_up up:recommendedName/up:fullName ?recommended_name .
  }
  GRAPH <http://togogenome.org/graph/taxonomy/>
  {
    ?taxonomy_id rdfs:label ?taxonomy_name .
  }
} LIMIT 25
  • 複数GO
DEFINE sql:select-option "order"
PREFIX mccv: <http://purl.jp/bio/01/mccv#>
PREFIX meo: <http://purl.jp/bio/11/meo/>
PREFIX mpo: <http://purl.jp/bio/01/mpo#>
PREFIX up: <http://purl.uniprot.org/core/>
PREFIX go: <http://purl.uniprot.org/go/>

SELECT DISTINCT ?uniprot_id ?uniprot_up ?recommended_name ?taxonomy_id ?taxonomy_name
WHERE
{
  GRAPH <http://togogenome.org/graph/goup/>
  {
     go:0009987 up:classifiedWith ?uniprot_id .
     go:0003824 up:classifiedWith ?uniprot_id .
     go:0044464 up:classifiedWith ?uniprot_id .
  }
  GRAPH <http://togogenome.org/graph/tgup/>
  {
    ?togogenome rdfs:seeAlso ?uniprot_id .
    ?togogenome rdfs:seeAlso ?taxonomy_id .
    ?uniprot_id rdfs:seeAlso ?uniprot_up .
  }
  GRAPH <http://togogenome.org/graph/uniprot/>
  {
    ?uniprot_up up:recommendedName/up:fullName ?recommended_name .
  }
  GRAPH <http://togogenome.org/graph/taxonomy/>
  {
    ?taxonomy_id rdfs:label ?taxonomy_name .
  }
} LIMIT 25

GO + Tax

DEFINE sql:select-option "order"
PREFIX mccv: <http://purl.jp/bio/01/mccv#>
PREFIX meo: <http://purl.jp/bio/11/meo/>
PREFIX mpo: <http://purl.jp/bio/01/mpo#>
PREFIX up: <http://purl.uniprot.org/core/>
PREFIX go: <http://purl.uniprot.org/go/>

SELECT DISTINCT ?uniprot_id ?uniprot_up ?recommended_name ?taxonomy_id ?taxonomy_name
WHERE
{
  GRAPH <http://togogenome.org/graph/goup/>
  {
    go:0009987 up:classifiedWith ?uniprot_id .
  }
  GRAPH <http://togogenome.org/graph/tgup/>
  {
    ?togogenome rdfs:seeAlso ?uniprot_id .
    ?togogenome rdfs:seeAlso ?taxonomy_id .
    ?uniprot_id rdfs:seeAlso ?uniprot_up .
  }
  GRAPH <http://togogenome.org/graph/uniprot/>
  {
    ?uniprot_up up:recommendedName/up:fullName ?recommended_name .
  }
  GRAPH <http://togogenome.org/graph/taxonomy/>
  {
    ?taxonomy_id rdfs:label ?taxonomy_name .
  }
  GRAPH <http://togogenome.org/graph/tgtax/>
  {
    ?taxonomy_id rdfs:subClassOf <http://identifiers.org/taxonomy/2>
  }
} LIMIT 25

GO + MEO

DEFINE sql:select-option "order"
PREFIX mccv: <http://purl.jp/bio/01/mccv#>
PREFIX meo: <http://purl.jp/bio/11/meo/>
PREFIX mpo: <http://purl.jp/bio/01/mpo#>
PREFIX up: <http://purl.uniprot.org/core/>
PREFIX go: <http://purl.uniprot.org/go/>

SELECT DISTINCT ?uniprot_id ?uniprot_up ?recommended_name ?taxonomy_id ?taxonomy_name
WHERE
{
  VALUES ?gold_meo { meo:MEO_0000437 meo:MEO_0000440 }
  GRAPH <http://togogenome.org/graph/goup/>
  {
    go:0009987 up:classifiedWith ?uniprot_id .
  }
  GRAPH <http://togogenome.org/graph/tgup/>
  {
    ?togogenome rdfs:seeAlso ?uniprot_id .
    ?togogenome rdfs:seeAlso ?taxonomy_id .
    ?uniprot_id rdfs:seeAlso ?uniprot_up .
  }
  GRAPH <http://togogenome.org/graph/uniprot/>
  {
    ?uniprot_up up:recommendedName/up:fullName ?recommended_name .
  }
  GRAPH <http://togogenome.org/graph/taxonomy/>
  {
    ?taxonomy_id rdfs:label ?taxonomy_name .
  }
  GRAPH <http://togogenome.org/graph/gold/>
  {
    ?gold_id mccv:MCCV_000020 ?taxonomy_id .
    ?gold_id ?gold_meo ?meo_id .
  }
  GRAPH <http://togogenome.org/graph/meo_descendants/>
  {
    ?meo_id rdfs:subClassOf meo:MEO_0000004 .
  }
} LIMIT 25

GO + MPO

MPOのpredicateリストの取得 クエリ

DEFINE sql:select-option "order"
PREFIX mccv: <http://purl.jp/bio/01/mccv#>
PREFIX meo: <http://purl.jp/bio/11/meo/>
PREFIX mpo: <http://purl.jp/bio/01/mpo#>
PREFIX up: <http://purl.uniprot.org/core/>
PREFIX go: <http://purl.uniprot.org/go/>

SELECT DISTINCT ?uniprot_id ?uniprot_up ?recommended_name ?taxonomy_id ?taxonomy_name
WHERE
{
  GRAPH <http://togogenome.org/graph/goup/>
  {
    go:0009987 up:classifiedWith ?uniprot_id .
  }
  GRAPH <http://togogenome.org/graph/tgup/>
  {
    ?togogenome rdfs:seeAlso ?uniprot_id .
    ?togogenome rdfs:seeAlso ?taxonomy_id .
    ?uniprot_id rdfs:seeAlso ?uniprot_up .
  }
  GRAPH <http://togogenome.org/graph/uniprot/>
  {
    ?uniprot_up up:recommendedName/up:fullName ?recommended_name .
  }
  GRAPH <http://togogenome.org/graph/taxonomy/>
  {
    ?taxonomy_id rdfs:label ?taxonomy_name .
  }
  GRAPH <http://togogenome.org/graph/gold/>
  {
    ?taxonomy_id ?tax_mpo ?mpo_id FILTER (?tax_mpo IN (mpo:MPO_10002, mpo:MPO_10001, mpo:MPO_10003, mpo:MPO_10005, mpo:MPO_10009, mpo:MPO_10010, mpo:MPO_10011, mpo:MPO_10013, mpo:MPO_10014, mpo:MPO_10015, mpo:MPO_10016, mpo:MPO_10006, mpo:MPO_10007)) .
  }
  GRAPH <http://togogenome.org/graph/mpo_descendants/>
  {
    ?mpo_id rdfs:subClassOf mpo:MPO_02000
  }
} LIMIT 25

GO + Tax + MEO

DEFINE sql:select-option "order"
PREFIX mccv: <http://purl.jp/bio/01/mccv#>
PREFIX meo: <http://purl.jp/bio/11/meo/>
PREFIX mpo: <http://purl.jp/bio/01/mpo#>
PREFIX up: <http://purl.uniprot.org/core/>
PREFIX go: <http://purl.uniprot.org/go/>

SELECT DISTINCT ?uniprot_id ?uniprot_up ?recommended_name ?taxonomy_id ?taxonomy_name
WHERE
{
  VALUES ?gold_meo { meo:MEO_0000437 meo:MEO_0000440 }
  GRAPH <http://togogenome.org/graph/goup/>
  {
    go:0009987 up:classifiedWith ?uniprot_id .
  }
  GRAPH <http://togogenome.org/graph/tgup/>
  {
    ?togogenome rdfs:seeAlso ?uniprot_id .
    ?togogenome rdfs:seeAlso ?taxonomy_id .
    ?uniprot_id rdfs:seeAlso ?uniprot_up .
  }
  GRAPH <http://togogenome.org/graph/uniprot/>
  {
    ?uniprot_up up:recommendedName/up:fullName ?recommended_name .
  }
  GRAPH <http://togogenome.org/graph/taxonomy/>
  {
    ?taxonomy_id rdfs:label ?taxonomy_name .
  }
  GRAPH <http://togogenome.org/graph/tgtax/>
  {
    ?taxonomy_id rdfs:subClassOf <http://identifiers.org/taxonomy/2>
  }
  GRAPH <http://togogenome.org/graph/gold/>
  {
    ?gold_id mccv:MCCV_000020 ?taxonomy_id .
    ?gold_id ?gold_meo ?meo_id .
  }
  GRAPH <http://togogenome.org/graph/meo_descendants/>
  {
    ?meo_id rdfs:subClassOf meo:MEO_0000004 .
  }
} LIMIT 25

GO + Tax + MPO

MPOのpredicateリストの取得 クエリ

DEFINE sql:select-option "order"
PREFIX mccv: <http://purl.jp/bio/01/mccv#>
PREFIX meo: <http://purl.jp/bio/11/meo/>
PREFIX mpo: <http://purl.jp/bio/01/mpo#>
PREFIX up: <http://purl.uniprot.org/core/>
PREFIX go: <http://purl.uniprot.org/go/>

SELECT DISTINCT ?uniprot_id ?uniprot_up ?recommended_name ?taxonomy_id ?taxonomy_name
WHERE
{
  GRAPH <http://togogenome.org/graph/goup/>
  {
    go:0009987 up:classifiedWith ?uniprot_id .
  }
  GRAPH <http://togogenome.org/graph/tgup/>
  {
    ?togogenome rdfs:seeAlso ?uniprot_id .
    ?togogenome rdfs:seeAlso ?taxonomy_id .
    ?uniprot_id rdfs:seeAlso ?uniprot_up .
  }
  GRAPH <http://togogenome.org/graph/uniprot/>
  {
    ?uniprot_up up:recommendedName/up:fullName ?recommended_name .
  }
  GRAPH <http://togogenome.org/graph/taxonomy/>
  {
    ?taxonomy_id rdfs:label ?taxonomy_name .
  }
  GRAPH <http://togogenome.org/graph/tgtax/>
  {
    ?taxonomy_id rdfs:subClassOf <http://identifiers.org/taxonomy/2>
  }
  GRAPH <http://togogenome.org/graph/gold/>
  {
    ?taxonomy_id ?tax_mpo ?mpo_id FILTER (?tax_mpo IN (mpo:MPO_10002, mpo:MPO_10001, mpo:MPO_10003, mpo:MPO_10005, mpo:MPO_10009, mpo:MPO_10010, mpo:MPO_10011, mpo:MPO_10013, mpo:MPO_10014, mpo:MPO_10015, mpo:MPO_10016, mpo:MPO_10006, mpo:MPO_10007)) .
  }
  GRAPH <http://togogenome.org/graph/mpo_descendants/>
  {
    ?mpo_id rdfs:subClassOf mpo:MPO_02000
  }
} LIMIT 25

GO + MEO + MPO

MPOのpredicateリストの取得 クエリ

DEFINE sql:select-option "order"
PREFIX mccv: <http://purl.jp/bio/01/mccv#>
PREFIX meo: <http://purl.jp/bio/11/meo/>
PREFIX mpo: <http://purl.jp/bio/01/mpo#>
PREFIX up: <http://purl.uniprot.org/core/>
PREFIX go: <http://purl.uniprot.org/go/>

SELECT DISTINCT ?uniprot_id ?uniprot_up ?recommended_name ?taxonomy_id ?taxonomy_name
WHERE
{
  VALUES ?gold_meo { meo:MEO_0000437 meo:MEO_0000440 }
  GRAPH <http://togogenome.org/graph/goup/>
  {
    go:0009987 up:classifiedWith ?uniprot_id .
  }
  GRAPH <http://togogenome.org/graph/tgup/>
  {
    ?togogenome rdfs:seeAlso ?uniprot_id .
    ?togogenome rdfs:seeAlso ?taxonomy_id .
    ?uniprot_id rdfs:seeAlso ?uniprot_up .
  }
  GRAPH <http://togogenome.org/graph/uniprot/>
  {
    ?uniprot_up up:recommendedName/up:fullName ?recommended_name .
  }
  GRAPH <http://togogenome.org/graph/taxonomy/>
  {
    ?taxonomy_id rdfs:label ?taxonomy_name .
  }
  GRAPH <http://togogenome.org/graph/gold/>
  {
    ?gold_id mccv:MCCV_000020 ?taxonomy_id .
    ?gold_id ?gold_meo ?meo_id .
  }
  GRAPH <http://togogenome.org/graph/meo_descendants/>
  {
    ?meo_id rdfs:subClassOf meo:MEO_0000004 .
  }
  GRAPH <http://togogenome.org/graph/gold/>
  {
    ?taxonomy_id ?tax_mpo ?mpo_id FILTER (?tax_mpo IN (mpo:MPO_10002, mpo:MPO_10001, mpo:MPO_10003, mpo:MPO_10005, mpo:MPO_10009, mpo:MPO_10010, mpo:MPO_10011, mpo:MPO_10013, mpo:MPO_10014, mpo:MPO_10015, mpo:MPO_10016, mpo:MPO_10006, mpo:MPO_10007)) .
  }
  GRAPH <http://togogenome.org/graph/mpo_descendants/>
  {
    ?mpo_id rdfs:subClassOf mpo:MPO_02000
  }
} LIMIT 25

GO + Tax + MEO + MPO

MPOのpredicateリストの取得 クエリ

DEFINE sql:select-option "order"
PREFIX mccv: <http://purl.jp/bio/01/mccv#>
PREFIX meo: <http://purl.jp/bio/11/meo/>
PREFIX mpo: <http://purl.jp/bio/01/mpo#>
PREFIX up: <http://purl.uniprot.org/core/>
PREFIX go: <http://purl.uniprot.org/go/>

SELECT DISTINCT ?uniprot_id ?uniprot_up ?recommended_name ?taxonomy_id ?taxonomy_name
WHERE
{
  VALUES ?gold_meo { meo:MEO_0000437 meo:MEO_0000440 }
  GRAPH <http://togogenome.org/graph/goup/>
  {
    go:0009987 up:classifiedWith ?uniprot_id .
  }
  GRAPH <http://togogenome.org/graph/tgup/>
  {
    ?togogenome rdfs:seeAlso ?uniprot_id .
    ?togogenome rdfs:seeAlso ?taxonomy_id .
    ?uniprot_id rdfs:seeAlso ?uniprot_up .
  }
  GRAPH <http://togogenome.org/graph/uniprot/>
  {
    ?uniprot_up up:recommendedName/up:fullName ?recommended_name .
  }
  GRAPH <http://togogenome.org/graph/taxonomy/>
  {
    ?taxonomy_id rdfs:label ?taxonomy_name .
  }
  GRAPH <http://togogenome.org/graph/tgtax/>
  {
    ?taxonomy_id rdfs:subClassOf <http://identifiers.org/taxonomy/2>
  }
  GRAPH <http://togogenome.org/graph/gold/>
  {
    ?gold_id mccv:MCCV_000020 ?taxonomy_id .
    ?gold_id ?gold_meo ?meo_id .
  }
  GRAPH <http://togogenome.org/graph/meo_descendants/>
  {
    ?meo_id rdfs:subClassOf meo:MEO_0000004 .
  }
  GRAPH <http://togogenome.org/graph/gold/>
  {
    ?taxonomy_id ?tax_mpo ?mpo_id FILTER (?tax_mpo IN (mpo:MPO_10002, mpo:MPO_10001, mpo:MPO_10003, mpo:MPO_10005, mpo:MPO_10009, mpo:MPO_10010, mpo:MPO_10011, mpo:MPO_10013, mpo:MPO_10014, mpo:MPO_10015, mpo:MPO_10016, mpo:MPO_10006, mpo:MPO_10007)) .
  }
  GRAPH <http://togogenome.org/graph/mpo_descendants/>
  {
    ?mpo_id rdfs:subClassOf mpo:MPO_02000
  }
} LIMIT 25

Taxonomy指定

Tax

DEFINE sql:select-option "order"
PREFIX mccv: <http://purl.jp/bio/01/mccv#>
PREFIX meo: <http://purl.jp/bio/11/meo/>
PREFIX mpo: <http://purl.jp/bio/01/mpo#>
PREFIX up: <http://purl.uniprot.org/core/>
PREFIX go: <http://purl.uniprot.org/go/>

SELECT DISTINCT ?uniprot_id ?uniprot_up ?recommended_name ?taxonomy_id ?taxonomy_name
WHERE
{
  GRAPH <http://togogenome.org/graph/tgtax/>
  {
    ?taxonomy_id rdfs:subClassOf <http://identifiers.org/taxonomy/2>
  }
  GRAPH <http://togogenome.org/graph/taxonomy/>
  {
    ?taxonomy_id rdfs:label ?taxonomy_name .
  }
  GRAPH <http://togogenome.org/graph/tgup/>
  {
    ?togogenome rdfs:seeAlso ?taxonomy_id .
    ?togogenome rdfs:seeAlso ?uniprot_id .
    ?uniprot_id rdfs:seeAlso ?uniprot_up .
  }
  GRAPH <http://togogenome.org/graph/uniprot/>
  {
    ?uniprot_up up:recommendedName/up:fullName ?recommended_name .
  }
} LIMIT 25

Tax + MEO

DEFINE sql:select-option "order"
PREFIX mccv: <http://purl.jp/bio/01/mccv#>
PREFIX meo: <http://purl.jp/bio/11/meo/>
PREFIX mpo: <http://purl.jp/bio/01/mpo#>
PREFIX up: <http://purl.uniprot.org/core/>
PREFIX go: <http://purl.uniprot.org/go/>

SELECT DISTINCT ?uniprot_id ?uniprot_up ?recommended_name ?taxonomy_id ?taxonomy_name
WHERE
{
  VALUES ?gold_meo { meo:MEO_0000437 meo:MEO_0000440 }
  GRAPH <http://togogenome.org/graph/tgtax/>
  {
    ?taxonomy_id rdfs:subClassOf <http://identifiers.org/taxonomy/2>
  }
  GRAPH <http://togogenome.org/graph/taxonomy/>
  {
    ?taxonomy_id rdfs:label ?taxonomy_name .
  }
  GRAPH <http://togogenome.org/graph/tgup/>
  {
    ?togogenome rdfs:seeAlso ?taxonomy_id .
    ?togogenome rdfs:seeAlso ?uniprot_id .
    ?uniprot_id rdfs:seeAlso ?uniprot_up .
  }
  GRAPH <http://togogenome.org/graph/uniprot/>
  {
    ?uniprot_up up:recommendedName/up:fullName ?recommended_name .
  }
  GRAPH <http://togogenome.org/graph/gold/>
  {
    ?gold_id mccv:MCCV_000020 ?taxonomy_id .
    ?gold_id ?gold_meo ?meo_id .
  }
  GRAPH <http://togogenome.org/graph/meo_descendants/>
  {
    ?meo_id rdfs:subClassOf meo:MEO_0000004 .
  }
} LIMIT 25

Tax + MPO

MPOのpredicateリストの取得 クエリ

DEFINE sql:select-option "order"
PREFIX mccv: <http://purl.jp/bio/01/mccv#>
PREFIX meo: <http://purl.jp/bio/11/meo/>
PREFIX mpo: <http://purl.jp/bio/01/mpo#>
PREFIX up: <http://purl.uniprot.org/core/>
PREFIX go: <http://purl.uniprot.org/go/>

SELECT DISTINCT ?uniprot_id ?uniprot_up ?recommended_name ?taxonomy_id ?taxonomy_name
WHERE
{
  GRAPH <http://togogenome.org/graph/tgtax/>
  {
    ?taxonomy_id rdfs:subClassOf <http://identifiers.org/taxonomy/2>
  }
  GRAPH <http://togogenome.org/graph/taxonomy/>
  {
    ?taxonomy_id rdfs:label ?taxonomy_name .
  }
  GRAPH <http://togogenome.org/graph/tgup/>
  {
    ?togogenome rdfs:seeAlso ?taxonomy_id .
    ?togogenome rdfs:seeAlso ?uniprot_id .
    ?uniprot_id rdfs:seeAlso ?uniprot_up .
  }
  GRAPH <http://togogenome.org/graph/uniprot/>
  {
    ?uniprot_up up:recommendedName/up:fullName ?recommended_name .
  }
  GRAPH <http://togogenome.org/graph/gold/>
  {
    ?taxonomy_id ?tax_mpo ?mpo_id FILTER (?tax_mpo IN (mpo:MPO_10002, mpo:MPO_10001, mpo:MPO_10003, mpo:MPO_10005, mpo:MPO_10009, mpo:MPO_10010, mpo:MPO_10011, mpo:MPO_10013, mpo:MPO_10014, mpo:MPO_10015, mpo:MPO_10016, mpo:MPO_10006, mpo:MPO_10007)) .
  }
  GRAPH <http://togogenome.org/graph/mpo_descendants/>
  {
    ?mpo_id rdfs:subClassOf mpo:MPO_02000
  }
} LIMIT 25

Tax + MEO + MPO

MPOのpredicateリストの取得 クエリ

DEFINE sql:select-option "order"
PREFIX mccv: <http://purl.jp/bio/01/mccv#>
PREFIX meo: <http://purl.jp/bio/11/meo/>
PREFIX mpo: <http://purl.jp/bio/01/mpo#>
PREFIX up: <http://purl.uniprot.org/core/>
PREFIX go: <http://purl.uniprot.org/go/>

SELECT DISTINCT ?uniprot_id ?uniprot_up ?recommended_name ?taxonomy_id ?taxonomy_name
WHERE
{
  VALUES ?gold_meo { meo:MEO_0000437 meo:MEO_0000440 }
  GRAPH <http://togogenome.org/graph/tgtax/>
  {
    ?taxonomy_id rdfs:subClassOf <http://identifiers.org/taxonomy/2>
  }
  GRAPH <http://togogenome.org/graph/taxonomy/>
  {
    ?taxonomy_id rdfs:label ?taxonomy_name .
  }
  GRAPH <http://togogenome.org/graph/tgup/>
  {
    ?togogenome rdfs:seeAlso ?taxonomy_id .
    ?togogenome rdfs:seeAlso ?uniprot_id .
    ?uniprot_id rdfs:seeAlso ?uniprot_up .
  }
  GRAPH <http://togogenome.org/graph/uniprot/>
  {
    ?uniprot_up up:recommendedName/up:fullName ?recommended_name .
  }
  GRAPH <http://togogenome.org/graph/gold/>
  {
    ?gold_id mccv:MCCV_000020 ?taxonomy_id .
    ?gold_id ?gold_meo ?meo_id .
  }
  GRAPH <http://togogenome.org/graph/meo_descendants/>
  {
    ?meo_id rdfs:subClassOf meo:MEO_0000004 .
  }
  GRAPH <http://togogenome.org/graph/gold/>
  {
    ?taxonomy_id ?tax_mpo ?mpo_id FILTER (?tax_mpo IN (mpo:MPO_10002, mpo:MPO_10001, mpo:MPO_10003, mpo:MPO_10005, mpo:MPO_10009, mpo:MPO_10010, mpo:MPO_10011, mpo:MPO_10013, mpo:MPO_10014, mpo:MPO_10015, mpo:MPO_10016, mpo:MPO_10006, mpo:MPO_10007)) .
  }
  GRAPH <http://togogenome.org/graph/mpo_descendants/>
  {
    ?mpo_id rdfs:subClassOf mpo:MPO_02000
  }
} LIMIT 25

MEO指定

MEO

DEFINE sql:select-option "order"
PREFIX mccv: <http://purl.jp/bio/01/mccv#>
PREFIX meo: <http://purl.jp/bio/11/meo/>
PREFIX mpo: <http://purl.jp/bio/01/mpo#>
PREFIX up: <http://purl.uniprot.org/core/>
PREFIX go: <http://purl.uniprot.org/go/>

SELECT DISTINCT ?uniprot_id ?uniprot_up ?recommended_name ?taxonomy_id ?taxonomy_name
WHERE
{
  VALUES ?gold_meo { meo:MEO_0000437 meo:MEO_0000440 }
  GRAPH <http://togogenome.org/graph/meo_descendants/>
  {
    ?meo_id rdfs:subClassOf meo:MEO_0000004 .
  }
  GRAPH <http://togogenome.org/graph/gold/>
  {
    ?gold_id ?gold_meo ?meo_id .
    ?gold_id mccv:MCCV_000020 ?taxonomy_id .
  }
  GRAPH <http://togogenome.org/graph/taxonomy/>
  {
    ?taxonomy_id rdfs:label ?taxonomy_name .
  }
  GRAPH <http://togogenome.org/graph/tgup/>
  {
    ?togogenome rdfs:seeAlso ?taxonomy_id .
    ?togogenome rdfs:seeAlso ?uniprot_id .
    ?uniprot_id rdfs:seeAlso ?uniprot_up .
  }
  GRAPH <http://togogenome.org/graph/uniprot/>
  {
    ?uniprot_up up:recommendedName/up:fullName ?recommended_name .
  }
} LIMIT 25

MEO + MPO

MPOのpredicateリストの取得 クエリ

DEFINE sql:select-option "order"
PREFIX mccv: <http://purl.jp/bio/01/mccv#>
PREFIX meo: <http://purl.jp/bio/11/meo/>
PREFIX mpo: <http://purl.jp/bio/01/mpo#>
PREFIX up: <http://purl.uniprot.org/core/>
PREFIX go: <http://purl.uniprot.org/go/>

SELECT DISTINCT ?uniprot_id ?uniprot_up ?recommended_name ?taxonomy_id ?taxonomy_name
WHERE
{
  VALUES ?gold_meo { meo:MEO_0000437 meo:MEO_0000440 }
  GRAPH <http://togogenome.org/graph/meo_descendants/>
  {
    ?meo_id rdfs:subClassOf meo:MEO_0000004 .
  }
  GRAPH <http://togogenome.org/graph/gold/>
  {
    ?gold_id ?gold_meo ?meo_id .
    ?gold_id mccv:MCCV_000020 ?taxonomy_id .
  }
  GRAPH <http://togogenome.org/graph/gold/>
  {
    ?taxonomy_id ?tax_mpo ?mpo_id FILTER (?tax_mpo IN (mpo:MPO_10002, mpo:MPO_10001, mpo:MPO_10003, mpo:MPO_10005, mpo:MPO_10009, mpo:MPO_10010, mpo:MPO_10011, mpo:MPO_10013, mpo:MPO_10014, mpo:MPO_10015, mpo:MPO_10016, mpo:MPO_10006, mpo:MPO_10007)) .
  }
  GRAPH <http://togogenome.org/graph/mpo_descendants/>
  {
    ?mpo_id rdfs:subClassOf mpo:MPO_02000
  }
  GRAPH <http://togogenome.org/graph/taxonomy/>
  {
    ?taxonomy_id rdfs:label ?taxonomy_name .
  }
  GRAPH <http://togogenome.org/graph/tgup/>
  {
    ?togogenome rdfs:seeAlso ?taxonomy_id .
    ?togogenome rdfs:seeAlso ?uniprot_id .
    ?uniprot_id rdfs:seeAlso ?uniprot_up .
  }
  GRAPH <http://togogenome.org/graph/uniprot/>
  {
    ?uniprot_up up:recommendedName/up:fullName ?recommended_name .
  }
} LIMIT 25

MPO指定

Predicateリスト

検索で指定するMPOのpredicate一覧を取得するためのクエリ。

SELECT DISTINCT ?p
FROM <http://togogenome.org/graph/gold/>
WHERE
{
 ?s ?p ?o FILTER (STRSTARTS(STR(?p),"http://purl.jp/bio/01/mpo#"))
}

MPO

DEFINE sql:select-option "order"
PREFIX mccv: <http://purl.jp/bio/01/mccv#>
PREFIX meo: <http://purl.jp/bio/11/meo/>
PREFIX mpo: <http://purl.jp/bio/01/mpo#>
PREFIX up: <http://purl.uniprot.org/core/>
PREFIX go: <http://purl.uniprot.org/go/>

SELECT DISTINCT ?uniprot_id ?uniprot_up ?recommended_name ?taxonomy_id ?taxonomy_name
WHERE
{
  GRAPH <http://togogenome.org/graph/mpo_descendants/>
  {
    ?mpo_id rdfs:subClassOf mpo:MPO_02000
  }
  GRAPH <http://togogenome.org/graph/gold/>
  {
    ?taxonomy_id ?tax_mpo ?mpo_id FILTER (?tax_mpo IN (mpo:MPO_10002, mpo:MPO_10001, mpo:MPO_10003, mpo:MPO_10005, mpo:MPO_10009, mpo:MPO_10010, mpo:MPO_10011, mpo:MPO_10013, mpo:MPO_10014, mpo:MPO_10015, mpo:MPO_10016, mpo:MPO_10006, mpo:MPO_10007)) .
  }
  GRAPH <http://togogenome.org/graph/taxonomy/>
  {
    ?taxonomy_id rdfs:label ?taxonomy_name .
  }
  GRAPH <http://togogenome.org/graph/tgup/>
  {
    ?togogenome rdfs:seeAlso ?taxonomy_id .
    ?togogenome rdfs:seeAlso ?uniprot_id .
    ?uniprot_id rdfs:seeAlso ?uniprot_up .
  }
  GRAPH <http://togogenome.org/graph/uniprot/>
  {
    ?uniprot_up up:recommendedName/up:fullName ?recommended_name .
  }
} LIMIT 25

検索ヒット件数

各SPARQLのSELECT句を書き替える。

SELECT (COUNT(DISTINCT ?uniprot_id) AS ?hit_count)

Facet検索用トリプル生成

GO2Uniprot

GOの一覧取得

Uniprotで使用されているGOの一覧を取得する。

SELECT DISTINCT ?go
FROM <http://togogenome.org/graph/uniprot/>
WHERE
{
 ?go a <http://purl.uniprot.org/core/Concept> FILTER (STRSTARTS(STR(?go),"http://purl.uniprot.org/go"))
}

GO毎のUniprotIDヒット件数取得

UniprotID取得時にOFFSET/LIMITを使用するケースがあるため、あらかじめ件数を取得しておく。
いくつかのGOは件数が多すぎてエンドポイント経由では取得できないため、isql経由で取得する。
go0044464_up_cnt.rq

SPARQL
DEFINE sql:select-option "order"
PREFIX up: <http://purl.uniprot.org/core/>
CONSTRUCT
{
 <http://purl.uniprot.org/go/0044464> <has_uniprot> ?cnt
}
{
 {
  SELECT COUNT(DISTINCT ?uniprot_uri)
  FROM <http://togogenome.org/graph/uniprot/>
  FROM <http://togogenome.org/graph/tgup/>
  WHERE
  {
   ?uniprot_go rdfs:subClassOf* <http://purl.uniprot.org/go/0044464> .
   ?uniprot_bp up:classifiedWith ?uniprot_go .
   ?uniprot_bp up:recommendedName/up:fullName ?recommended_name .
   ?uniprot_uri rdfs:seeAlso ?uniprot_bp .
  }
 }
}
;

CONSTRUCT文を発行してファイルに出力するコマンド。
※ポート番号(1111) とユーザパスワード(dba dba)は実行環境に合わせて変更する

isql 1111 dba dba VERBOSE=OFF BANNER=OFF PROMPT=OFF ECHO=OFF BLOBS=ON ERRORS=stdout < go0044464_up_cnt.rq >>  goup_cnt.txt

GO毎のUniprotIDの取得

GO:0044464(cell part)に紐づくUniprotIDのリストを生成するCONSTRUCT文
CONSTRUCT文はVirtuoso.iniファイルのResultSetMaxRowsのトリプルしか出力されないので注意する。
ResultSetMaxRowsを1,000,000→1,500,000 にあげるか、OFFSET LIMITを使用する
ここでNT形式出力の指定(DEFINE output:format "NT")をしないのは、出力されたTTLが33行毎に1文字欠けるというVirtuosoの謎のバグがあるため

SPARQL
DEFINE sql:select-option "order"
PREFIX up: <http://purl.uniprot.org/core/>

CONSTRUCT
{
 <http://purl.uniprot.org/go/0044464> up:classifiedWith ?uniprot_uri 
}
FROM <http://togogenome.org/graph/uniprot/>
FROM <http://togogenome.org/graph/tgup/>
WHERE
{
 {
  SELECT DISTINCT ?uniprot_uri
  WHERE
  {
   ?uniprot_go rdfs:subClassOf* <http://purl.uniprot.org/go/0044464> .
   ?uniprot_bp up:classifiedWith ?uniprot_go .
   ?uniprot_bp up:recommendedName/up:fullName ?recommended_name . 
   ?uniprot_uri rdfs:seeAlso ?uniprot_bp .
  }
 }
}
;

ResultSetMaxRowsの上限を超える場合にはOFFSETで出力する。//あらかじめ紐づくUniprotの件数を調べておく必要がある

SPARQL
DEFINE sql:select-option "order"
PREFIX up: <http://purl.uniprot.org/core/>

CONSTRUCT
{
 <http://purl.uniprot.org/go/0009987> up:classifiedWith ?uniprot_uri 
}
FROM <http://togogenome.org/graph/uniprot/>
FROM <http://togogenome.org/graph/tgup/>
WHERE
{
 {
  SELECT DISTINCT ?uniprot_uri
  WHERE
  {
   ?uniprot_go rdfs:subClassOf* <http://purl.uniprot.org/go/0009987> .
   ?uniprot_bp up:classifiedWith ?uniprot_go .
   ?uniprot_bp up:recommendedName/up:fullName ?recommended_name . 
   ?uniprot_uri rdfs:seeAlso ?uniprot_bp .
  } OFFSET 1000000 LIMIT 1000000
 }
}
;

CONSTRUCT文を発行してファイルに出力するコマンド。
※ポート番号(1111) とユーザパスワード(dba dba)は実行環境に合わせて変更する

isql 1111 dba dba VERBOSE=OFF BANNER=OFF PROMPT=OFF ECHO=OFF BLOBS=ON ERRORS=stdout < create_ttl_go0044464_uniprot.rq > go0044464_uniprot.txt

TTLに変換&ロード

上記のCONSTRUCT文であれば(DEFINE output:format "NT"をつけていないため)、空白区切りで出力されるため、整形してttlに変換する。

perl -pe 's/(\S+)/<$1>/g; s/$/ ./' go0044464_uniprot.txt > go0044464_uniprot.ttl

データのロード

SQL> ld_dir_all('/data/store/virtuoso7upd2/var/lib/virtuoso/db/goup/'), '*.ttl', 'http://togogenome.org/graph/goup/');

MEO hierarchy

MEOのsubClassOf*の関係をリーズニングするCONSTRUCT文を生成。出力フォーマットはNTを指定
create_ttl_meo_descendants.rq

SPARQL
DEFINE output:format "NT"
CONSTRUCT
{
 ?meo_id rdfs:subClassOf ?parent_meo_id
}
FROM <http://togogenome.org/graph/meo/>
WHERE
{
 ?meo_id a owl:Class .
 ?meo_id rdfs:subClassOf* ?parent_meo_id
}
;

CONSTRUCT文を発行してファイルに出力するコマンド。

isql 1111 dba dba VERBOSE=OFF BANNER=OFF PROMPT=OFF ECHO=OFF BLOBS=ON ERRORS=stdout < create_ttl_meo_descendants.rq > meo_descendants.ttl

データのロード

SQL > DB.DBA.TTLP_MT (file_to_string_output('/data/store/virtuoso7upd2/var/lib/virtuoso/db/meo_descendants.ttl'), '', 'http://togogenome.org/graph/meo_descendants/');

MPO hierarchy

MPOのsubClassOf*の関係をリーズニングするCONSTRUCT文を生成。出力フォーマットはNTを指定
create_ttl_mpo_descendants.rq

SPARQL
DEFINE output:format "NT"
CONSTRUCT
{
 ?mpo_id rdfs:subClassOf ?parent_mpo_id
}
FROM <http://togogenome.org/graph/mpo/>
WHERE
{
  ?mpo_id a owl:Class .
 ?mpo_id rdfs:subClassOf* ?parent_mpo_id
}
;

CONSTRUCT文を発行してファイルに出力するコマンド。

$isql 1111 dba dba VERBOSE=OFF BANNER=OFF PROMPT=OFF ECHO=OFF BLOBS=ON ERRORS=stdout < create_ttl_mpo_descendants.rq > mpo_descendants.ttl

データのロード

SQL> DB.DBA.TTLP_MT (file_to_string_output('/data/store/virtuoso7upd2/var/lib/virtuoso/db/mpo_descendants.ttl'), '', 'http://togogenome.org/graph/mpo_descendants/');
個人用ツール