BH12.12/EndpointGraph

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目次

MicrobeDB

ファイルの置き場所

DDBJスパコン:/home/sw/app-rdf/mdb_FY2013/

グラフ一覧

graph名 ファイルパス 説明 備考
http://microbedb.jp/refseq/ refseq/prokaryotes.ttl/*.ttl RefSeq Genomeの情報
http://microbedb.jp/gtps/ gtps/gtps_without_array/*.rdf GTPS Genomeの情報
gtps/gtps_tax_data.ttl XXXX
http://microbedb.jp/mbgd/ mbgd/default.ttl MBGD オーソログの情報
mbgd/gene.ttl
mbgd/genome.ttl
mbgd/organism.ttl
mbgd/uniprot.ttl
http://microbedb.jp/brc/ brc/nbrc/*.ttl BRC菌株情報。NBRC分
brc/jcm/*.ttl BRC菌株情報。JCM分
http://microbedb.jp/go/ ontology/go/go.owl Gene ontology
http://microbedb.jp/so/ ontology/so/so.owl Sequence ontology
http://microbedb.jp/taxonomy/ ontology/taxonomy/taxdump.owl DDBJ Taxonomy ontology
http://microbedb.jp/ncbitaxon/ ontology/ncbitaxon/ncbitaxon.owl NCBI Taxonomy ontology
http://microbedb.jp/gold/ ontology/gold/gold2meo.ttl GOLDとMEOのマッピングデータ
ontology/gold/gold2mpo.ttl GOLDとMPOのマッピングデータ
ontology/gold/gold2taxon.ttl GOLDとTaxonomyIDのマッピングデータ
http://microbedb.jp/mpo/ ontology/mpo/mpo.owl MPO(表現型) ontology
http://microbedb.jp/mccv/ ontology/mccv/mccv.ttl MCCV ontology
http://microbedb.jp/gazetteer/ ontology/gazetteer/gazetteer.owl Gazetteer(地理) ontology
ontology/gazetteer/gazetteer_lonlat.ttl GazetteerIDの緯度経度情報(Geo cooding結果)
http://microbedb.jp/meo/ ontology/meo/meo.owl MEO ontology
ontology/meo/meo_bodyparts3d_mapping.ttl MEOとFMA ontologyとの名寄せデータ
http://microbedb.jp/fma/ ontology/fma/fma.owl 部位オントロジー
http://microbedb.jp/meta16S_env/ srs/meta16Sassigned/Env_16S_18S_MetatransAssignedttl/*.ttl メタ16S-リファレンスゲノム マッピングRDF 環境サンプル
http://microbedb.jp/meta16S_human/ srs/meta16Sassigned/Human_16S_18S_MetatransAssignedttl/*.ttl メタ16S-リファレンスゲノム マッピングRDF 人体サンプル
http://microbedb.jp/meta16S_env_ontology/ srs/meta16Sassigned/Env_16S_18S_MetatransAssignedttl_Ontology/*.ttl メタ16S-リファレンスゲノムのオントロジー検索集計済みデータ(環境) meo.owl,meta16S_envが変更された場合に再作成する
http://microbedb.jp/meta16S_human_ontology/ srs/meta16Sassigned/Human_16S_18S_MetatransAssignedttl_Ontology/*.ttl メタ16S-リファレンスゲノムのオントロジー検索集計済みデータ(人体) meo.owl,meta16S_humanが変更された場合に再作成する
http://microbedb.jp/metagenome_tax_mapping/ srs/sampleSumByTaxV3/*.ttl メタゲノム-Taxonomy マッピングRDF 11サンプル分
http://microbedb.jp/srs/ srs/srs/SRS_meta_or_16S.ttl メタゲノムかメタ16Sかを区別するデータ
srs/srs/SRS_ontology_mapping.ttl
srs/srs/SRS_ontology_mapping_env.ttl
srs/srs/SRS_ontology_mapping_human.ttl
http://microbedb.jp/srs_metadata/ srs/metadata/srs_msv.ttl サンプルのメタデータ
srs/metadata/srs_msv_journal_env.ttl 環境サンプルの論文データ
srs/metadata/srs_msv_journal_human.ttl 人体サンプルの論文データ
srs/metadata/srs_id_mapping.ttl サンプルIDの関連
http://microbedb.jp/srs_ortholog_env/ srs/ortholog/AllEnvmapped.tsv.GIKEGGIDMBGD.ttl 環境サンプルのOrtholog
http://microbedb.jp/srs_ortholog_human/ srs/ortholog/AllHumanmapped.tsv.GIKEGGIDMBGD.ttl 人体サンプルのOrtholog
http://microbedb.jp/msv/ ontology/msv/msv.owl サンプルメタデータのボキャブラリー
http://microbedb.jp/pdo/ ontology/pdo/pdo.owl 感染症オントロジー
http://microbedb.jp/csso/ ontology/csso/csso.owl 病原菌オントロジー
http://microbedb.jp/pdo_mapping/ ontology/pdo/mapping.ttl PDOのマッピングデータ

グラフ毎の件数カウント

SQL> SPARQL SELECT ?g COUNT(?s) WHERE { GRAPH ?g {?s ?p ?o} } GROUP BY ?g ORDER BY DESC 2;

9/27現在のカウントは以下の通り(関係ないグラフは除く) 計:1,085,082,362

http://microbedb.jp/refseq/                                                       550273744
http://microbedb.jp/mbgd/                                                         291714037
http://microbedb.jp/gtps/                                                         197069932
http://microbedb.jp/taxonomy/                                                     10183714
http://microbedb.jp/ncbitaxon/                                                    7335847
http://microbedb.jp/gazetteer/                                                    7062536
http://microbedb.jp/meta16S_human/                                                6724842
http://microbedb.jp/srs_metadata/                                                 4982739
http://microbedb.jp/meta16S_env/                                                  3106758
http://microbedb.jp/fma/                                                          1714647
http://microbedb.jp/srs_ortholog_env/                                             1502574
http://microbedb.jp/go/                                                           1211571
http://microbedb.jp/brc/                                                          903319
http://microbedb.jp/srs_ortholog_human/                                           524172
http://microbedb.jp/meta16S_env_ontology/                                         381504
http://microbedb.jp/gold/                                                         150899
http://microbedb.jp/metagenome_tax_mapping/                                       67095
http://microbedb.jp/srs/                                                          53691
http://microbedb.jp/meta16S_human_ontology/                                       48477
http://microbedb.jp/so/                                                           43060
http://microbedb.jp/srs/meo_normalize/                                            10792
http://microbedb.jp/meo/                                                          4975
http://microbedb.jp/pdo_mapping/                                                  3391
http://microbedb.jp/pdo/                                                          2881
http://microbedb.jp/csso/                                                         2537
http://microbedb.jp/msv/                                                          1601
http://microbedb.jp/mpo/                                                          734
http://microbedb.jp/mccv/                                                         293

TogoStanza

元データ グラフ名
/data/store/rdf/togogenome/refseq/prokaryotes.ttl/**/*.ttl http://togogenome.org/graph/refseq/
/data/store/rdf/uniprot/current/uniprot_unzip/*.owl http://togogenome.org/graph/uniprot/
/data/store/rdf/uniprot/current/uniprot_unzip/*.rdf
/data/store/rdf/togogenome/uniprot/current/prokaryotes/**/*.ttl
/data/store/rdf/togogenome/ontology/go/go.owl http://togogenome.org/graph/go/
/data/store/rdf/togogenome/ontology/so/so.owl http://togogenome.org/graph/so/
/data/store/rdf/togogenome/ontology/ncbitaxon/ncbitaxon.owl http://togogenome.org/graph/ncbitaxon/
/data/store/rdf/togogenome/ontology/taxonomy/taxdump.owl http://togogenome.org/graph/taxonomy/
/data/store/rdf/togogenome/ontology/MCCV/mccv.ttl http://togogenome.org/graph/mccv/
/data/store/rdf/togogenome/ontology/MEO/meo.owl http://togogenome.org/graph/meo/
/data/store/rdf/togogenome/ontology/MPO/mpo.owl http://togogenome.org/graph/mpo/
/data/store/rdf/togogenome/ontology/GMO/gmo.ttl http://togogenome.org/graph/gmo/
/data/store/rdf/togogenome/ontology/GOLD/gold2meo.ttl http://togogenome.org/graph/gold/
/data/store/rdf/togogenome/ontology/GOLD/gold2taxon.ttl
/data/store/rdf/togogenome/ontology/GOLD/gold2mpo.ttl
/data/store/rdf/togogenome/ontology/GOLD/additional/*.ttl
/data/store/rdf/togogenome/ontology/BRC/*.ttl http://togogenome.org/graph/brc/
/data/store/rdf/togogenome/ontology/GAZETTEER/gazetteer.owl http://togogenome.org/graph/gazetteer/
/data/store/rdf/togogenome/ontology/GAZETTEER/gazetteer_lonlat.ttl
/data/store/rdf/togogenome/ontology/PDO/pdo.owl http://togogenome.org/graph/pdo/
/data/store/rdf/togogenome/ontology/PDO/csso.owl http://togogenome.org/graph/csso/
/data/store/rdf/togogenome/ontology/PDO/mapping.ttl http://togogenome.org/graph/pdo_mapping/
http://biohackathon.org/resources/faldo http://togogenome.org/graph/faldo/
/data/store/rdf/edgestore/*.ttl http://togogenome.org/graph/edgestore/
(集計結果) http://togogenome.org/graph/stats/
(自動生成) http://togogenome.org/graph/
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