BH11.11/LOAD/BioHackathon2011

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BioHackathon 2011のフォローアップ

RDF形式のデータの修正

@prefix bh11ujicha: <http://open-biomed.org/BH11Ujicha/> .
...
<http://bio2rdf.org/affymetrix:1007_s_at> rdfs:label "DDR1" ;
       bh11ujicha:AlzGene "0" .
...
  • 遺伝子発現データ: NCBI GEO - 臨床情報・検査値
    • GSE1297 (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE1297)
      • 検体数: アルツハイマー病死後脳31検体
      • プラットホーム: Affymetrix Human Genome U133A Array
      • Google RefineでGSE1297.ExprsFc.tabからGSE1297.ExprsFc.ttlを生成
      • 臨床情報・検査値: アルツハイマー病の進行ステージ: Control, Incipient, Moderate, Severe
      • 遺伝子発現量そのものはRDF化せず、進行ステージ間の(1)倍率変化(fc_)、(2) 統計解析のP値(p_) をRDF化した。
        • 例えば、bh11ujicha:ExprsFc_Incipient_ControlはIncipient/Controlの倍率変化、bh11ujicha:ExprsPv_Incipient_ControlはIncipient/ControlのP値である。
      • Named Graph IRI: http://open-biomed.org:8890/DAV/BH11Ujicha/GSE1297.ExprsFc
      • RDF file URL: http://open-biomed.org/BH11Ujicha/GSE1297.ExprsFc.ttl
      • 有意差解析で臨床情報を用いているので、今回は 臨床情報・検査値をRDF化するのは見送った。
  • 遺伝子機能アノテーションデータ: Affymetrixアノテーションファイル
  • PubMedの共起情報

SPARQLエンドポイントとクエリ

http://open-biomed.org:8890/sparql/

  • SPAQRLクエリ例
    • 遺伝子発現で深刻なアルツハイマー病死後脳と健常者死後脳で
      • 2倍以上の倍率変化があるプローブセットで : bh11ujicha:ExprsFc_Severe_Controlで2.0以上
      • p < 0.0001以下のプローブセットで : bh11ujicha:ExprsPv_Severe_Controlで0.0001以下
    • パスウェイでKEGG, GenMAPPのパスウェイデータベースで
    • PubMedの共起情報で
      • 共起がない、すなわち共起回数が0のプローブセット : bh11ujicha:PubMedで0
    • を同時に満たすプローブセットを抽出する。
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