BH11.11/LOAD

提供:TogoWiki

移動: 案内, 検索

目次

LOAD (Linked Open Alzheimer's disease Data)

晩期発症型アルツハイマー病(Late Onset Alzheimer's Disease)のLinked Open Dataを構築する。

コンセプト

http://www.slideshare.net/ogishima/linked-open-alzheimers-disease-data-load-10298597

LOAD concept.003.jpg LOAD concept.004.jpg

LOAD concept.007.jpg LOAD concept.008.jpg

TODO

  1. RDF形式のデータの生成
    • データソース
      • 遺伝子変異データ: AlzGene (http://www.alzgene.org/)
      • 遺伝子発現データ: NCBI GEO/EBI ArrayExpress - 臨床情報・検査値
      • シグナル伝達系: AlzPathway (http://alzpathway.org/)
      • 薬剤データ: DrugBank
      • 文献情報: 共起情報
    • 既存のオントロジーからのプレディケートの選択
  2. RDF形式のデータのストア
    • Virtuosoへのインポート
    • (SPARQLエンドポイントのセットアップ)
  3. 外部のLinked Open Dataと連携
  4. ユースケースの検討
    • SPARQLのテンプレートの作成
    • 外部のLODとの連携のクローラプログラムの作成
    • ユーザインターフェイスの検討

BioHackathon 2011の修正

BioHackathon 2011の修正

RDF形式のデータの生成

データソース

  • 遺伝子変異データ: AlzGene (http://www.alzgene.org/)
  • 遺伝子発現データ: NCBI GEO/EBI ArrayExpress - 臨床情報・検査値
    • 遺伝子発現データ

MGED Ontology (http://bioportal.bioontology.org/ontologies/38801?p=terms) ?

BioPAXに準拠

  • 薬剤データ: DrugBank
  • 文献情報: 共起情報

これらのデータソースをRDF化するためにAlzheimer's disease Ontologyを構築

オントロジーの構築

  • 既存のオントロジーの調査

BioPortal Resources (http://bioportal.bioontology.org/resources)
SNOMED CT (http://bioportal.bioontology.org/ontologies/46116/?p=terms)
SNOMED CTの拡張でもよい?

  • Alzheimer's disease Ontologyの構築
    • PURLのドメインの取得(/ontology/alzheimer/)

PURL Domain Administration (http://purl.oclc.org/docs/domain.html)
PURL Help (http://purl.oclc.org/docs/purl.html)

    • オントロジータームのリストアップ
    • オントロジーの構造のデザイン

"Semantic Web for the Working Ontologist: Effective Modeling in RDFS and OWL" [1] 2nd Ed.があるらしい
邦訳も"実践セマンティックWeb―RDF/RDFS/OWLによるオントロジー設計ガイド" [2]]が出版されている

    • Protegeによるオントロジーの構築 [3]

http://open-biomed.org/disease/alzheimer

RDF形式のデータのストア

  • Virtuosoへのインポート
  • (SPARQLエンドポイントのセットアップ)

外部のLinked Open Dataと連携

ユースケースの検討

  • SPARQLのテンプレートの作成
  • 外部のLODとの連携のクローラプログラムの作成

ユーザインターフェイスの検討

BH11.11の成果

  • 本プロジェクトの全体計画を議論した
  • Alzheimer's disease Ontology Coreの構築

既存のオントロジーを調査し、SNOMED CTをもとに、ProtegeによりAlzheimer's disease Ontology Coreを構築した。

スケジュール

  • RDF形式のデータの生成
  • RDF形式のデータのストア
  • 外部のLinked Open Dataと連携
  • ユースケースの検討
  • ユーザインターフェイスの開発

メンバー

  • 荻島 創一(東京医科歯科大学)
  • 片山 俊明(東京大学医科学研究所)
  • 山本 泰智(ライフサイエンス統合データベースセンター)
  • ...
個人用ツール