BH11.11/ヒト・環境メタゲノムメタデータのオントロジー整備とRDF化/GAZETTEERのOBOtoOWL変換に関して

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オントロジーをmergeするためにGAZETTEERの拡張子を.oboから.owlに変換する必要がある。

OBO ReleaseManagerを使って GAZETTEER $Revision: 1.504 $ を.owlに変換しようとしたが、 元のoboファイルにタイポ等の様々なミスが入っていたためエラーが出て変換できなかった。

以下の処理を行うことで.oboから.owlに変換できた。

  • 以下の行を削除
xdef: ISO3166-2:GB-DOW
 : tributary_of GAZ:00373187
 : tributary_of GAZ:00397971
 : tributary_of GAZ:00398623
 : located_in GAZ:00014244
 : located_in GAZ:00014244
 : located_in GAZ:00013739
 : located_in GAZ:00013739
 : located_in GAZ:00014268
 : located_in GAZ:00014276
 : located_in GAZ:00014270
 : located_in GAZ:00014278
 : tributary_of GAZ:00405388
 : tributary_of GAZ:00397175
  • 以下を修正
・ comment"をcomment:に修正
・ 未定義だったinverse_of、transitive_overを[Typedef]にて定義
・ inverse_of:をrelationship: inverse_ofに置換
・ transitive_over:をrelationship: transitive_overに置換
・ elationship: located_in GAZ:00394667の行頭にrを足す
・ : michaelashburnerを created_by: michaelashburnerに修正
・ vrelationship: tributary_of GAZ:00417311の行頭のvを取り除く
・ vsynonym: "Eluetako Erreka" EXACT SPELLING_VARIANT []の行頭のvを取り除く
・ vvvrelationship: tributary_of GAZ:00394568の行頭のvvvを取り除く
・ elationship: located_in GAZ:00001794の行頭にrを足す
・ crelationship: located_in GAZ:00029662の行頭のcを取り除く
・ rdef: "A bay on the E coast of Luing." [ISBN:0862415799]の行頭のrを取り除く
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