BH11.11/オープンバイオ

提供:TogoWiki

移動: 案内, 検索

目次

BioRuby

機能拡張・バグフィックス

  • 最近のBioRubyメーリングリストの話題 -- 異なる環境(Linux, Windows, Mac)、Rubyバージョン(Ruby 1.8.7, Ruby 1.9.3)でBioRubyのテストを動かしてError/Failureの有無をチェック
    • (完了) Windows 7 Enterprise + Ruby 1.9.3-p0 (mingw32) でのError/Failureを直す
      • 11/21 ??:??: 8 failures, 4 errors
      • 11/22 14:50: 8 failures, 3 errors
        • PhyloXMLのテストで一時ファイルをオープンしたまま削除しようとしていたのを修正
      • 11/22 17:10: 5 failures, 3 errors
        • コマンドライン文字列のテストに使用するテスト文字列を変更
      • 11/22 17:35: 3 failures, 3 errors
        • Windowsの識別をミスっていた部分を修正
      • 11/23 15:09: 0 failures, 0 errors
        • ファイル読み込み時にバイナリモードを使用
  • ネットワークを使ったテストを分離し、デフォルトで実行しないようにする
    • 11/24 午前: 完了
    • 今後の課題: ネットワーク通信のモックによるエミュレートを行う
  • TODO
    • 「独自パッチ」「ローカルパッチ」募集中
    • Fasta形式・Fastq形式出力時のID二重出力問題について

RDF入出力: オブジェクトのRDF化 / RDFデータの読み込み

  • これまでのBioHackathonなどで開発されたコードの活用
    • TogoWSで動いているRDF出力コード
      • MEDLINE -> RDF 変換 (Turtle形式出力) -- medline.ttl.erb
        • (かたやまさん、西澤さんから貰う -- done)
        • TODO: プラグイン化、または本体に取り込む
      • bioruby-rdf は下記参照
    • bioruby-rdf -- written by Raoul during BioHackathon 2011
    • HMMER3 output to RDF/XML -- written by Chris Z during BioHackathon 2011 (bh11/wiki/OpenBio)
      • HMMER3 結果の RDF/XML出力
      • TODO: プラグイン化、または本体に取り込む
    • https://github.com/yeban/bioruby/tree/rdf -- written by Anurag Priyam during Google Summer of Code 2010 (Phyloinformatics with NESCent)
      • 汎用RDFライブラリ的な作り
      • 開発途上でGSoC期間が終了、そのまま放置?
      • 開発意図不明のため後回し
  • TODO: ドキュメントやサンプルの整備
  • TODO: Bio::FlatFile (データ入力)および Bio::Sequence::Output (配列データ出力)の改良
    • 配列以外のデータ出力の汎用化

メンバー

  • 後藤
  • 片山
  • 西澤
個人用ツール