BH11.11/オーソログテーブルのRDF化

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千葉、西出、内山(基生研)

目次

特定のオーソロググループのRDFの試作

http://mbgd.genome.ad.jp:8036/rdf/orthogroup/5820

オーソログテーブルのRDF化

MBGDテキストファイルのRDFへの変換

主要なファイル

  • MBGDテキストファイル形式(dclst形式)→ RDF(XML形式 or Turtle形式)
    • 変換スクリプトの作成(千葉)

MBGDテキストファイル形式(dclst形式)

////
Cluster 478
#CGene	nrtD
#CFuncMbgd	7.6
#CFuncCog	1.7
#CFuncKegg	3.1
#CFuncTigr	19
#CDescr	ABC transporter ATP-binding protein
#CScore	336.214
#CDist	133.476
aba:ACID345_0826	0	1	273
bsu:BSU08830	0	1	255
bsu:BSU30610	0	1	260
dra:DR_2198	0	1	248
dth:DICTH_0605	0	1	432
eco:B0366	0	1	255
eco:B0933	0	1	255
fnu:FN0235	0	1	242
fsu:FISUC_1083	0	1	271
fsu:FISUC_1097	0	1	267
ote:OTER_3561	0	1	258
rba:RB373	0	1	332
rba:RB374	0	1	281
syn:SLL1082	0	1	266
syn:SLL1452	1	1	284
syn:SLL1453	0	1	332
syn:SLR0043	1	1	282
syn:SLR0044	0	1	282
tai:TACI_0399	0	1	249
tma:TM0204	0	1	233
tma:TM0483	0	1	235
ttr:TTER_0230	0	1	275
ttr:TTER_1220	0	1	262
ttr:TTER_2227	0	1	267
tye:THEYE_A0142	0	1	430
////
Cluster 571
#CGene	glnQ

RDF/XML - 遺伝子のグルーピングの情報のみ

 <rdf:Description rdf:about="http://mbgd.genome.ad.jp/rdf/orthogroup/478">
  <rdfs:label>ABC transporter ATP-binding protein</rdfs:label>
  <rdfs:member rdf:resource="http://mbgd.genome.ad.jp/rdf/gene/aba:ACID345_0826"/>
  <rdfs:member rdf:resource="http://mbgd.genome.ad.jp/rdf/gene/bsu:BSU08830"/>
  <rdfs:member rdf:resource="http://mbgd.genome.ad.jp/rdf/gene/bsu:BSU30610"/>
  <rdfs:member rdf:resource="http://mbgd.genome.ad.jp/rdf/gene/dra:DR_2198"/>
  <rdfs:member rdf:resource="http://mbgd.genome.ad.jp/rdf/gene/dth:DICTH_0605"/>
  <rdfs:member rdf:resource="http://mbgd.genome.ad.jp/rdf/gene/eco:B0366"/>
  <rdfs:member rdf:resource="http://mbgd.genome.ad.jp/rdf/gene/eco:B0933"/>
  <rdfs:member rdf:resource="http://mbgd.genome.ad.jp/rdf/gene/fnu:FN0235"/>
  <rdfs:member rdf:resource="http://mbgd.genome.ad.jp/rdf/gene/fsu:FISUC_1083"/>
  <rdfs:member rdf:resource="http://mbgd.genome.ad.jp/rdf/gene/fsu:FISUC_1097"/>
  <rdfs:member rdf:resource="http://mbgd.genome.ad.jp/rdf/gene/ote:OTER_3561"/>
  <rdfs:member rdf:resource="http://mbgd.genome.ad.jp/rdf/gene/rba:RB373"/>
  <rdfs:member rdf:resource="http://mbgd.genome.ad.jp/rdf/gene/rba:RB374"/>
  <rdfs:member rdf:resource="http://mbgd.genome.ad.jp/rdf/gene/syn:SLL1082"/>
  <rdfs:member rdf:resource="http://mbgd.genome.ad.jp/rdf/gene/syn:SLL1452"/>
  <rdfs:member rdf:resource="http://mbgd.genome.ad.jp/rdf/gene/syn:SLL1453"/>
  <rdfs:member rdf:resource="http://mbgd.genome.ad.jp/rdf/gene/syn:SLR0043"/>
  <rdfs:member rdf:resource="http://mbgd.genome.ad.jp/rdf/gene/syn:SLR0044"/>
  <rdfs:member rdf:resource="http://mbgd.genome.ad.jp/rdf/gene/tai:TACI_0399"/>
  <rdfs:member rdf:resource="http://mbgd.genome.ad.jp/rdf/gene/tma:TM0204"/>
  <rdfs:member rdf:resource="http://mbgd.genome.ad.jp/rdf/gene/tma:TM0483"/>
  <rdfs:member rdf:resource="http://mbgd.genome.ad.jp/rdf/gene/ttr:TTER_0230"/>
  <rdfs:member rdf:resource="http://mbgd.genome.ad.jp/rdf/gene/ttr:TTER_1220"/>
  <rdfs:member rdf:resource="http://mbgd.genome.ad.jp/rdf/gene/ttr:TTER_2227"/>
  <rdfs:member rdf:resource="http://mbgd.genome.ad.jp/rdf/gene/tye:THEYE_A0142"/>
</rdf:Description>

RDF(Turtle形式) - 遺伝子のグルーピングの情報のみ

<http://mbgd.genome.ad.jp/rdf/orthogroup/478> rdfs:label "ABC transporter ATP-binding protein" ;
   rdfs:member <http://mbgd.genome.ad.jp/rdf/gene/ttr:TTER_2227>,
       <http://mbgd.genome.ad.jp/rdf/gene/ttr:TTER_1220>,
       <http://mbgd.genome.ad.jp/rdf/gene/syn:SLL1452>,
       <http://mbgd.genome.ad.jp/rdf/gene/eco:B0366>,
       <http://mbgd.genome.ad.jp/rdf/gene/tma:TM0483>,
       <http://mbgd.genome.ad.jp/rdf/gene/tai:TACI_0399>,
       <http://mbgd.genome.ad.jp/rdf/gene/rba:RB373>,
       <http://mbgd.genome.ad.jp/rdf/gene/dth:DICTH_0605>,
       <http://mbgd.genome.ad.jp/rdf/gene/ote:OTER_3561>,
       <http://mbgd.genome.ad.jp/rdf/gene/aba:ACID345_0826>,
       <http://mbgd.genome.ad.jp/rdf/gene/tma:TM0204>,
       <http://mbgd.genome.ad.jp/rdf/gene/tye:THEYE_A0142>,
       <http://mbgd.genome.ad.jp/rdf/gene/bsu:BSU08830>,
       <http://mbgd.genome.ad.jp/rdf/gene/ttr:TTER_0230>,
       <http://mbgd.genome.ad.jp/rdf/gene/bsu:BSU30610>,
       <http://mbgd.genome.ad.jp/rdf/gene/syn:SLR0043>,
       <http://mbgd.genome.ad.jp/rdf/gene/eco:B0933>,
       <http://mbgd.genome.ad.jp/rdf/gene/fsu:FISUC_1083>,
       <http://mbgd.genome.ad.jp/rdf/gene/dra:DR_2198>,
       <http://mbgd.genome.ad.jp/rdf/gene/syn:SLL1082>,
       <http://mbgd.genome.ad.jp/rdf/gene/fnu:FN0235>,
       <http://mbgd.genome.ad.jp/rdf/gene/fsu:FISUC_1097>,
       <http://mbgd.genome.ad.jp/rdf/gene/syn:SLR0044>,
       <http://mbgd.genome.ad.jp/rdf/gene/rba:RB374>,
       <http://mbgd.genome.ad.jp/rdf/gene/syn:SLL1453> .

RDF(Turtle形式) - 詳細版:元のdclst形式のテキストファイルに含まれている様々な情報を含む

<http://mbgd.genome.ad.jp/rdf/orthogroup/478> 
 mbgd:homCluster <http://mbgd.genome.ad.jp/rdf/homcluster/1> ;
 mbgd:gene "nrtD" ;
 mbgd:funcMbgd 7.6 ;
 mbgd:funcCog 1.7 ;
 mbgd:funcKegg 3.1 ;
 mbgd:funcTigr 19 ;
 mbgd:descr "ABC transporter ATP-binding protein" ;
 mbgd:score 336.214 ;
 mbgd:dist 133.476 ;
 mbgd:member <http://mbgd.genome.ad.jp/rdf/gene/aba:ACID345_0826/0>,
          <http://mbgd.genome.ad.jp/rdf/gene/bsu:BSU08830/0>,
          <http://mbgd.genome.ad.jp/rdf/gene/bsu:BSU30610/0>,
          <http://mbgd.genome.ad.jp/rdf/gene/dra:DR_2198/0>,
          <http://mbgd.genome.ad.jp/rdf/gene/dth:DICTH_0605/0>,
          <http://mbgd.genome.ad.jp/rdf/gene/eco:B0366/0>,
          <http://mbgd.genome.ad.jp/rdf/gene/eco:B0933/0>,
          <http://mbgd.genome.ad.jp/rdf/gene/fnu:FN0235/0>,
          <http://mbgd.genome.ad.jp/rdf/gene/fsu:FISUC_1083/0>,
          <http://mbgd.genome.ad.jp/rdf/gene/fsu:FISUC_1097/0>,
          <http://mbgd.genome.ad.jp/rdf/gene/ote:OTER_3561/0>,
          <http://mbgd.genome.ad.jp/rdf/gene/rba:RB373/0>,
          <http://mbgd.genome.ad.jp/rdf/gene/rba:RB374/0>,
          <http://mbgd.genome.ad.jp/rdf/gene/syn:SLL1082/0>,
          <http://mbgd.genome.ad.jp/rdf/gene/syn:SLL1452/1>,
          <http://mbgd.genome.ad.jp/rdf/gene/syn:SLL1453/0>,
          <http://mbgd.genome.ad.jp/rdf/gene/syn:SLR0043/1>,
          <http://mbgd.genome.ad.jp/rdf/gene/syn:SLR0044/0>,
          <http://mbgd.genome.ad.jp/rdf/gene/tai:TACI_0399/0>,
          <http://mbgd.genome.ad.jp/rdf/gene/tma:TM0204/0>,
          <http://mbgd.genome.ad.jp/rdf/gene/tma:TM0483/0>,
          <http://mbgd.genome.ad.jp/rdf/gene/ttr:TTER_0230/0>,
          <http://mbgd.genome.ad.jp/rdf/gene/ttr:TTER_1220/0>,
          <http://mbgd.genome.ad.jp/rdf/gene/ttr:TTER_2227/0>,
          <http://mbgd.genome.ad.jp/rdf/gene/tye:THEYE_A0142/0> .

<http://mbgd.genome.ad.jp/rdf/gene/aba:ACID345_0826/0>
 mbgd:domainOf <http://mbgd.genome.ad.jp/rdf/gene/aba:ACID345_0826> ;
 mbgd:domainNumber 0 ;
 mbgd:domainStart 1 ;
 mbgd:domainEnd 273 .
...

その他必要なRDFファイルの作成

  • MBGD遺伝子IDとRefSeq遺伝子IDの対応表(生物種synのみに限定したサンプル) → 千葉から藤澤さんに → DBCLSでの統合
  • Cianobacteria Synechocystis sp. PCC6803 に絞って、オーソログテーブルのRDFを作成した → 藤澤さんへ
  • MBGDの遺伝子IDと、GTPSの遺伝子IDを関連付けるRDFを作成した → 下記のテストに利用

SesameによるRDF連結テスト

概要

  • 利用するRDF
    • オーソログテーブルのRDF (XML形式)
    • MBGDとGTPSの遺伝子IDを関連付けるRDF (Turtle形式)
  • Sesame serverへRDFをロード

Sesameのチュートリアル:緑本 8章

http://www.amazon.co.jp/セマンティックWeb-プログラミング-Toby-Segaran/dp/4873114527/ref=sr_1_1?ie=UTF8&qid=1322199791&sr=8-1

OWLIM-Lite

http://owlim.ontotext.com/display/OWLIMv42/OWLIM-Lite+Installation
  • SPARQLによる検索
    • Sesame severのREST APIへのアクセス
      • コマンドラインからアクセスするためのスクリプトを作成 (access_sesame)
      • JSON形式が返ってくる→JSON形式を、タブ区切りテキスト形式に変換するスクリプトを作成 (json2tsv)

GTPSの遺伝子IDをクエリーとして、MBGDのオーソログ情報を取得する例

> access_sesame localhost:8080 mbgd11 json get_ortholog_of_gtps.sparql '"ST991"' | json2tsv
"ST991"
"ST1204"
"ST1716"
"ST2456"
"GIB1819"
"ST399"
"ST688"
"ST2341"
"ST2002"
"ST2143"
"ST1548"
"PSYSGST18"
> cat get_ortholog_of_gtps.sparql
PREFIX rdfs:<http://www.w3.org/2000/01/rdf-schema#>
PREFIX mbgd:<http://mbgd.genome.ad.jp/rdf/schema#>
select $gtps_name where {
   $refseq_gene_uri mbgd:hasGtpsId $ARG0.
   $mbgd_gene_uri mbgd:hasRefseqIdUri $refseq_gene_uri.
   $c rdfs:member $mbgd_gene_uri.
   $c rdfs:member $mbgd_gene_uri2.
   $mbgd_gene_uri2 mbgd:hasRefseqIdUri $refseq_gene_uri2.
   $refseq_gene_uri2 mbgd:hasGtpsId $gtps_name.
}

SPARQLファイルの先頭に access_sesameの shebangラインを付けると、実行可能ファイルのようにも使える

> head -1 get_ortholog_of_gtps.sparql
#!/usr/bin/env access_sesame localhost:8080 mbgd11 json
> ./get_ortholog_of_gtps.sparql '"ST991"'

access_sesameのソースコード

#!/usr/bin/perl -w
# 2011/11/24 Hirokazu Chiba
use strict;
use File::Basename;
use URI::Escape;
my $program = basename $0;
my $usage=
"Usage: $program SESAME_SERVER FORMAT REPOSITORY SPARQL [OPTION ...]
";

@ARGV < 4 and die $usage;
my $sesame_server = shift @ARGV;
my $repository = shift @ARGV;
my $format = shift @ARGV;
my $file = shift @ARGV;

my $query = `cat $file`;
$query =~ s/\$ARG(\d+)/$ARGV[$1]/g;
my $query_escaped = uri_escape($query);
$query_escaped =~ s/%20/+/g;

my $header = "accept:application/sparql-results+$format";
my $url = "http://$sesame_server/openrdf-sesame/repositories/$repository";
system "curl -H '$header' '$url?query=$query_escaped'";

オーソログテーブルのXML化 (OrthoXML)

  • XMLファイル、スタイルシートを作成
  • OrthoXML
http://orthoxml.org/0.3/orthoxml_doc_v0.3.html
  • スタイルシートを利用したオーソログテーブルのRDF化(金城さん)

Reference

個人用ツール