天然物

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化合物RDF化を行う際、化学と天然物化学では化合物の視点が異なっているため、天然物化学視点で行うことが必要な場合がある。そこで、天然物のオントロジーについて既存の分類の調査を行う。

  • 化学:化合物の化学構造に着目
  • 天然物化学:合成経路・由来を考慮

目次

調査対象

  • Dictionary of Natural Products (DNP) [1] [2]
  • Chemical Entities of Biological Interest (ChEBI) [3]
  • Natural Products Ontology (NATPRO) [4]

DNPとChEBI

DNPの項目をChEBIを調べて関連付ける[5](時松・山田)SPARQLthon22〜SPARQLthon23

ChEBIは化学依り?

  • DNPとChEBIでは化合物の分類が異なるところがあった。
  • DNP記載の化合物群がChEBI Ontologyで見つけられないものが結構あった。
  • DNPは天然物の由来を考慮し分類されているがChEBIは化合物の構造に着目した分類が行われているようだ。
  • ChEBI のオントロジー作成者が天然物化学系分類を考えていないのではないか疑惑の根拠
    • CHEBI:10435 β-オブスクリン(β-obscurine) [6]は、ChEBIオントロジーでは、CHEBI:26509 quinoline alkaloid の子供になっているが、この化合物はリコポジウムアルカロイド(Lycopodium alkaloids) (DNP: VX1280)に属し、L-lysin由来と考えられており、分類上アントラニル酸などからできるquinoline alkaloidとは別である。しかしながらChEBIでは、quinoline alkaloidの子供に分類しているということは、化学者の視点で構造から形式的にキノリン核の還元された骨格を仮定して本化合物をquinoline alkaloidに分類しているとしか考えられず、天然物化学者の視点とは全く異なる観点の分類である。
β-obscurine (CHEBI:10435) is a organic heterotetracyclic compound (CHEBI:38163)
β-obscurine (CHEBI:10435) is a quinoline alkaloid (CHEBI:26509)

DNPとNATPRO

NATPROもDNP記載の化合物群をカバーしていない。また分類もDNPとは異なっていた。(山田)

TPPの天然物

  1. 化合物の構造は日化辞、ChEBIやPubChemも利用?
  2. 階層については既存のChEBIなどを利用するか、TPPで独自に定義するか検討したい

参考

  • 実務者連絡会 化合物オントロジー検討会議 議事録[7]
  • TPPの化合物のRDF化(案) [8]
    • 構造の明確な場合(InChIなどで表現できる)と不明確な場合(Mwのみ、分類まで)を分けて考える。
    • Dictionary of Natural Products (DNP) の項目を利用
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