ウェブサービスAPI とCytoscapeプラグイン

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ATTED IIの共発現ネットワークの可視化

  • GraphVizでのネットワーク可視化部分にCytoscapeWebを
  • PSIQUIC準拠(SOAP/REST)

目次

ATTED IIについて

ユーザが指定したgeneに対する共発現遺伝子ネットワークを描く
NetworkDrawer
http://atted.jp/top_draw.shtml

  • 現在のnetwork描画はgraphviz
  • 巨大なネットワークにおける問題点(描画時間、ネットワークの見やすさ)
  • Cytoscapeは強力だが、stand-aloneであることと、高機能であることから、実験生物学者には難しい
  • Cytoscape Web → ネットワークの描画、修正の問題の解決、Cytoscapeへの導入
    • Cytoscape → 既存のplug-inを利用したネットワークとしての解析、他のデータとの統合
    • 共通フォーマットを扱えるCytoscape plug-inのPSIQUICは、Cytoscape Webで使えない。

参加者

大林、笠原、西田

フォーマットについて

グラフのフォーマット
- CytoscapeWeb Cytoscape 特徴
GraphML 対応 非対応(今後対応予定) 理解しやすく、動作も良好、一般的、しかし何故かCytoscape非対応
XGMML 対応 対応 一般的ではない、動作確認できず
PCI-MI 非対応 対応 PSIQUIC webserviceとの親和性がよいがCytoscapeWebに非対応
SIF 対応 対応 最もシンプルで対応もよいがアトリビュート情報を保持できない

ブラウザでの可視化結果をinteractiveにするためのステップ

  1. 出力フォーマットにGraphMLを追加
  2. CytoscapeWeb用の見栄え, UIをjavascriptで

CytoscapeWebで実現するUI

  • 現在のGraphViz出力でできていることの上に独自の便利さを加える
    • クエリの遺伝子と共発現対象遺伝子のノード背景色の区別
    • 転写因子かどうかでノードの形を変える

など

PSIQUIC universal client(Cytoscape)に対応するためのステップ

  1. RESTなURLでGraphMLを返す
  2. RESTなURL(PSIQUIC準拠)でPSIQUIC準拠のデータを返す

CytoscapeWebについて

ATTED IIの検索結果のためのGraphML

<graphml>\
<key id="label" for="all" attr.name="label" attr.type="string"/>\
<key id="target" for="node" attr.name="target" attr.type="string"/>\
<key id="TF" for="node" attr.name="TF" attr.type="string"/>\
<key id="function" for="node" attr.name="function" attr.type="string"/>\
<key id="keggsecmet" for="node" attr.name="keggsecmet" attr.type="string"/>\
<key id="keggamino" for="node" attr.name="keggamino" attr.type="string"/>\
<key id="keggstarch" for="node" attr.name="keggstarch" attr.type="string"/>\
<key id="keggphenyl" for="node" attr.name="keggphenyl" attr.type="string"/>\
<key id="cor" for="edge" attr.name="cor" attr.type="string"/>\
<graph edgedefault="undirected">\
<node id="At1g06000">\
<data key="label">At1g06000</data>\
<data key="target">O,C</data>\
<data key="function">UDP-glucoronosyl/UDP-glucosyl transferase family protein</data>\
</node>\
<node id="At1g18580">\
<data key="label">At1g18580</data>\
<data key="target">M,M</data>\
<data key="function">GAUT11 (Galacturonosyltransferase 11); polygalacturonate 4-alpha-galacturonosyltransferase</data>\
<data key="keggamino">http://www.genome.ad.jp/dbget-bin/show_pathway?ath00520+At1g18580</data>\
<data key="keggstarch">http://www.genome.ad.jp/dbget-bin/show_pathway?ath00500+At1g18580</data>\
</node>\
<edge target="At1g06000" source="At1g18580">\
<data key="label">correlation</data>\
<data key="cor">0.8</data>\
</edge>\
</graph>\
</graphml>\

PSIQUICについて

interactionの取得方法

  • SOAP
  • REST

ウェブアクセスURLルール

個人用ツール